从TCGA获取数据manifesthttps://portal.gdc.cancer.gov/ 下载gdc-client工具https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 下载gdc-client工具 3.解压安装(路径不可有中文),然后设置环境变量,在cmd命令行进行验证。 cmd命令验证 4.测试是否有安装成功 gdc-client -h 5. 修改默认配置文件(因为默认...
windows用户,下载的是一个gdc-client.exe文件 1.存放exe与txt 例如,我随便找一个文件夹,文件夹地址是:E:\workspace\gdc,我把源文件(txt)与客户端exe放在如下: image.png 2. 打开命令行 可以使用快捷键,ctrl+r,输入cmd进入;或者点左下角,查找或者输入一下运行 查找运行 ctrl+r 输入cmd 进入控制台 / 命令...
要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成: 1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件 TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址: https:/…
1,打开在搜索栏中搜索“TCGA GDC”,然后找到官方网站点进去,TCGA官网如下图所示: image.png 2,点击上面的「Repository」(仓库),首先检查cart是否为空不空 要清除 保证cart为0。接下来就是根据自己的需要在页面的左侧的「Files」和「Cases」进行数据筛选; Snipaste_.png 3,数据筛选完之后网页的右边会有‘购物车’...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 ...
第一列为文件的uuid, 在GDC数据库中,所有的信息都用一个uuid唯一标识。利用manifest文件批量下载的用法如下 gdc-client download -m gdc_manifest_20190610_105445.txt 1. 结果下载到当前目录,每个文件保存在uuid对应的文件夹下,示意如下 ...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
在需要下载官方下载工具「gdc-client」:链接地址:gdc-client下载工具,根据自己系统进行下载即可,工具下载完之后不需要安装就可以直接使用,但是下载数据是在命令行中进行的,为了方便需要...面有点了解,因此特地写个系列来巩固一下这方面知识的掌握。 对于数据的利用的第一步就是获取数据,对于数据的下载与利用,在这里我...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件 ...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...