File "site-packages\gdc_client-1.5.0-py3.7.egg\gdc_client\download\parser.py", line 103, in dow nload File "site-packages\gdc_client-1.5.0-py3.7.egg\gdc_client\download\client.py", line 279, in dow nload_small_groups File "site-packages\gdc_client-1.5.0-py3.7.egg\gdc_client\downlo...
一、下载gdc_client 可以使用wget+unzip组合下载,或者直接去官网下载,选择对应版本。 https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_OSX_x64.zip 官网下载 使用wget下载时可能会出现网站安全证书有问题的报错,添加--no-check-certificate重新运行即可。 二、下载manifest、clinical文件 进入TCGA官网ht...
gdc-client软件安装和配置 下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载Mac版本。 将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在了Documents/TCGA数据下载中 下载数据 在GDC官网:https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的...
1.下载gdc-client的压缩文件; gdc-client_v1.4.0_Windows_x64.zip 2.将上述压缩文件copy到一个英文文件名称的文件夹内,并解压在该压缩文件名称的文件夹内; 3.将下载的manifest.txt文件复制到上述英文文件名的文件夹内; 4.在“开始”打开CMD命令符窗口,将“C:\Users\mac\gdc-client_v1.4.0_Windows_x64\g...
你会发现,他是先下载gdc-client工具,接着自动调用该工具下载,中间可能会由于网络等原因报错,不用怕,在运营一次即可,其会在上次下载的基础上,继续接着下载。 如下: 最终下载的结果文件如下: 一些列的文件夹,每个文件夹代表一个样本 5. 解析元文件metadata,进行下一步数据整理 接着还需要下面两个操作进行剔除重复...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件 ...
使用gdc-client下载TCGA数据 下载方式很简单,还记得上文中下载的Manifest文件吧,然后在windows下打开cmd,并在其中输入下载命令: gdc-client download -m gdc_manifest.2018-07-02.txt 然后就是慢慢下载了,如果中间有报错断了,一般就是网络不好的原因,重新下载或者换个时间段就行了。 最后就下载完了,一共301个文...
TCGA数据下载教程:使用官方gdc-client软件下载 整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中。 TCGA官网:https://cancergenome.nih.gov/ TCGA数据下载网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ Data Transfer Tool网址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data TCGA学习篇——数据下载 原文链接:http://ww...
进入gdc-client的官方网站:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool选择合适的版本进行下载,解压然后提前建好一个空文档用来准备装数据的 修改环境变量:控制面板--系统---高级设置---环境变量---path--编辑--新建(找到解压好gdc-client的路径添加进去)这样就可以直接调用,避免后面报错。然后,我...