从TCGA获取数据manifesthttps://portal.gdc.cancer.gov/ 下载gdc-client工具https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 下载gdc-client工具 3.解压安装(路径不可有中文),然后设置环境变量,在cmd命令行进行验证。 cmd命令验证 4.测试是否有安装成功 gdc-client -h 5. 修改默认配置文件(因为默认...
gdc-client.exe download --config gdc-client.dtt -m gdc_manifest.txt 经过上面的配方,就会发现这个工具还是挺好用滴~ 而且下载后的数据更快、更稳定~ 卡顿?不存在的。 image.png next:有了这些gdc原始数据,我们还需要进行加工,转化为能够方便处理数据的格式,详见使用R语言将gdc数据转化为基因表达矩阵...
要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成: 1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件 TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址: https:/…
根据需求勾选分类,先选cases,再选files,选好后点击manifest下载。 筛选想要的数据 不改变cases,清空files,只勾选data category 中的clinical,和data format中的xml,同样下载manifest文件。 将两个文件都放到gdc_client所在目录,clinical文件需要自己改一下文件名避免重名,或者按自己喜欢的方式命名,只要可以区分就行。 ...
第一列为文件的uuid, 在GDC数据库中,所有的信息都用一个uuid唯一标识。利用manifest文件批量下载的用法如下 gdc-client download -m gdc_manifest_20190610_105445.txt 1. 结果下载到当前目录,每个文件保存在uuid对应的文件夹下,示意如下 ...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可以使用,非常的方便,下载链接https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 2. GDC网站筛选下载的数据 通过GDC 网站上筛选需要下载的数据,形成Manifest文件,将该文件下载下来。这个文件只是记录需...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 ...
gdc-client软件安装和配置 下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载Mac版本。 将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在了Documents/TCGA数据下载中 下载数据 在GDC官网:https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的...
所有数据一共15.14MB,也不大,可以直接在网页下载,但是,本教程是讲解使用官方API下载,数据小更好演示,下面具体讲解使用gdc-client下载数据。(TCGA数据库在数据下载有规定:让Cart文件夹大于50M时,只能通过Data Transfer Tool工具进行下载。所以我这次要使用Data Transfer Tool工具来下载数据。) 首先点击上图中Manifest 这...