替代TCGA Data Portal网络,包含TCGA、TARGET、CGCI计划的数据,并对数据进行整合分类,提供统一的癌症基因组数据。 网址:portal.gdc.cancer.gov/ 内容: 四大模块:Projects、Exploration、Analysis、Repository Projects和Exploration查看CDC中所有的项目、病例、基因、变体 Analysis分析已选择建立数据集的特征 Repository批量下载...
以下是下载TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据的演示。 步骤1:进入网站 首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3 选定并保存自己所需的项...
1. Manifest 首先通过GDC在线数据库筛选自己感兴趣的数据集,然后通过购物车图标将数据集添加到购物车中,示意如下 点击导航栏的Cart按钮,点击下载Manifest文件 该文件内容如下所示 第一列为文件的uuid, 在GDC数据库中,所有的信息都用一个uuid...
GDC，Genomic Data Commons，整合了TCGA、TARGET、CGCI计划的数据，提供统一的癌症基因组数据。访问GDC官网，通过Projects和Exploration可以查看所有项目、病例、基因、变体，Analysis模块可以对已选择的数据集进行特征分析。GDC用途广泛，包括检索肿瘤相关信息、选择数据建立数据集进行在线比对和可视化分析，以及下载...
TCGA再次改版，我整理了最新数据下载教程。下面以TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据为例进行演示。步骤1：进入网站 使用谷歌浏览器打开新版TCGA网站，进入首页。步骤2：清空购物车 点击右上角的Cart按钮，进入购物车页面，点击网站logo下方蓝条中的红色按钮清空购物车。步骤3：选定并保存项目 点击logo下方的...
gdc-client 下载TCGA数据 最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可...
TCGA数据库的利用(一)—— 数据下载! 在需要下载官方下载工具「gdc-client」:链接地址:gdc-client下载工具,根据自己系统进行下载即可,工具下载完之后不需要安装就可以直接使用,但是下载数据是在命令行中进行的,为了方便需要...面有点了解,因此特地写个系列来巩固一下这方面知识的掌握。 对于数据的利用的第一步就是...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
最后通过他提供的GDC工具,就可以实现数据下载(我录制了视频演示教程)。 除此以外,还有一个地方可以下载数据,十分便捷。 https://xenabrowser.net/hub/ 这里面实际上是个数据库,有很多其他数据,我们点击TCGA hub后是这样的 点击任意肿瘤就进入下载界面,里面有甲基化,CNV,外显子,转录组等,假如下载的是转录组数据...
NCBI 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome 选择Genome数据库,输入hg19,点击Search,进入Genome Resources 这里有常用的资源下载,如果是参考基因组下载第一行 Ensemble 网址:http://asia.ensembl.org 有两种进入人参考基因组的方法 下拉菜单中,选择Human 点击右边的Human 点 ...