一、下载安装 访问官网下载：访问GDC Data Transfer Tool的官网，下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，例如gdcclient_v1.6.1_Ubuntu_x64。下载命令：在Linux服务器的终端中，输入相应的命令以下载压缩包。若下载速度慢，可考虑在Windows系统上使用加速工具下载后，通过WinSCP等工具将...
wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 下载速度如果过于缓慢可以尝试在Windows下使用魔法工具下载该压缩包,随后使用winscp导入服务器 步骤2:解压软件 新建一个文件夹(英文名),并将压缩包移动到这个文件夹下 mv gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip GdcDataTransferTo...
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 2.解压: unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 3.验证是否成功: ./gdc-client --help4. ./gdc-client download -m [manifest文件绝对路径]...
Github里面有:gdc-client 1.6.0、1.5.0、1.4.0、1.3.0、1.2.0等之前的版本。 Docker的:https://hub.docker.com/r/sbamin/gdc-client 这位好心网友的Docker里面是gdc-client 1.3.0版本。 下载好后双击解压就行,记好解压到的文件夹位置,一会添加路径会用到。 步骤2:设置路径 方法2.1:常规方法——vim .zshr...
个人认为这是目前使用起来最方便的TCGA工具。先上GDCRNATools流程图: 1. GDCRNATools下载与安装因为该R包还未在Bioconductor公布,因此暂时只能先将其下载到本地进行安装。下载地址:GDCRNATools安装说明:GDCRNATools安装说明在Linux和Mac系统的安装比较容易,只要把压缩包下载,运行一条命令就可以。 [AppleScript] 纯文本...
wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip # unzip unzip gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip # version ./gdc-client --version 解压所得的gdc-client就是下载工具了,可直接使用。但使用只能使用相对路径或绝对路径,不方便,因此我把其绝对路径...
手动下载 第一步: 在 GDC网站上下载GDC Data Transfer Tool 第二步: 将数据加载到 GDC cart, 下载 cart中的manifest file 和 metadata 第三步: 通过manifest file,用gdcRNADownload()函数下载 自动下载 通过在gdcRNADownload()函数中指定RNAseq 和 miRNAs data数据的project.id和data.type自动下载GDC Data Trans...
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