使用GATK进行Variant Calling 最新的GATK版本给出的算法为HaplotypeCaller: gatk HaplotypeCaller -R $ref -I merged_markdup_realigned_recal.bam --dbsnp dbSNP.vcf.gz -O raw_variants.vcf 最后得到raw_variants.vcf,--dbsnp dbSNP.vcf.gz这一项没有公共数据也可以不写。 进行VCF文件的过滤 在使用GATK进行变异位...
gvcf 在vcf基础上增加了3列INFO、FORMAT、样本名信息,即位点的质量及相关信息,可以参考之前的推送基因序列变异信息VCF (Variant Call Format)。 rule HaplotypeCaller: input: bam=get_cram, map_idx=get_cram_idx, ref="path/to/Homo_sapiens_assembly38.fasta", known="path/to/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp1...
gvcf 在vcf基础上增加了3列INFO、FORMAT、样本名信息,即位点的质量及相关信息,可以参考之前的推送基因序列变异信息VCF (Variant Call Format)。rule HaplotypeCaller: input: bam=get_cram, map_idx=get_cram_idx, ref="path/to/Homo_sapiens_assembly38.fasta", known="path/to/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138...
STAR进行比对生成BAM文件 -> GATK内置Picard工具对BAM文件进行处理,以适配后续分析流程,否则会报错 -> HaplotypeCaller寻找变异 -> 分SNP,Indel两种模式对变异进行过滤。 *若有生物学重复,可以在call变异这一步为每一个样本生成gvcf文件,然后合并gvcf,进行joint-calling。 3.代码 1)mapping 对于RNA-seq数据,GATK建议...
首先要明白HaplotypeCaller这个工具具体做了什么,是怎么找出单碱基变异的: 1.定义活跃区域(Define active regions):根据是否存在变异来确定需要操作的基因组的活跃区域。 2.通过组装活跃区域确定单倍型(Determine haplotypes by assembly of the active region):对于每个活跃区域,构建一个类似De Bruijn图来重新组装活性区域...
HaplotypeCaller 第一步先对每个样本 call 突变,用到了 HaplotypeCaller ,而且是在 GVCF 模式下,代码是: 代码语言:javascript 复制 ${GATK}--java-options"-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./tmp"HaplotypeCaller \-R${GENOME}\-ERCGVCF\-I5.gatk/${id}_bqsr.bam \-O6.gvcf/${id}.g.vcf.gz \--intervals $...
-T HaplotypeCaller \ -I sample1.bam \ [--dbsnp dbSNP.vcf] \ -stand_call_conf 20 \ -o output.raw.snps.indels.vcf 其他感觉比较使用的参数: 参数名 默认值 概要 注:对于我做mapping-by-sequencing而言,需要结果有ref和alt碱基的支持数,所以选项-A一定要跟上StrandAlleleCountsBySample。
--dbsnp 1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf \ -L GENCODEv24_exons.interval_list \ -o HaplotypeCaller_out.g.vcf 五、使用GenotypeGVCFs进行joint genotype 上一步通过HaplotypeCaller产生的.gVCF文件需要合并每个样本的突变信息到单一vcf文件来方便进行下一步的过滤分析。
HaplotypeCaller和那些直接应用贝叶斯推断的算法有所不同,它会先推断群体的单倍体组合情况,计算各个组合的几率,然后根据这些信息再反推每个样本的基因型组合。因此它不但特别适合应用到群体的变异检测中,而且还能够依据群体的信息更好地计算每个个体的变异数据和它们的基因型组合。
HaplotypeCaller \-R${ref_fasta}\-I${input_bam}\-L${interval_list}\-O${output_filename}\-contamination0-ERCGVCF ref_fasta代表参考基因组的fasta文件;input_bam代表预处理阶段产生的 bam文件;interval代表interval list文件,如果指定这个参数,只会输出指定区域的突变信息。对于全基因组测序,不需要这个参数,对...