GATK=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/GenomeAnalysisTK.jar java-Djava.io.tmpdir=$TMPDIR-Xmx40g-jar $GATK-TGenotypeGVCFs-nt5\ -R $GENOME \ --variant sample1.g.vcf \ --variant sample2.g.vcf \ --variant sample3.g.vcf \ --variant sample4.g.vcf \ -o output.vcf 另一种方法 以前我在直...
002、多个g.vcf文件可以写为一个list文件 gatk CombineGVCFs -R GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna --variant gvcf.list -O cohort.g.vcf.gz ## 脚本需要在g.vcf文件所在的路径中运行 gvcf.list格式: SRR21814498.g.vcf SRR21814509.g.vcf SRR21814514.g.vcf 003、变异检测、生成vcf文件 gatk --jav...
gatk --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile -I demo.g.vcf
GATK=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/GenomeAnalysisTK.jar java-Djava.io.tmpdir=$TMPDIR-Xmx40g-jar $GATK-TGenotypeGVCFs-nt5\ -R $GENOME \ --variant sample1.g.vcf \ --variant sample2.g.vcf \ --variant sample3.g.vcf \ --variant sample4.g.vcf \ -o output.vcf 另一种方法 以前我在直...