#Consolidate GVCFs with `GenomicsDBImport` or `CombineGVCFs` #GenomicsDBImport:新⽅法,速度快,但目前⼀次只能处理一条染色体 $ gatk GenomicsDBImport \ -V sample1.g.vcf \ -V sample2.g.vcf \ -V sample3.g.vcf \ #样本较多,可以⽤用-V gvcfs/*.g.vcf --genomicsdb-workspace-path my_...
我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。 HaplotypeCaller和那些直接应用贝叶斯推断的算法有所不同,它会先推断群体的单倍体组合情况,计算各个组合的几率,然后根据这些信息再反推每个样本的基因型组合。因此它不但特别适合应用到群体...
合并多个样本的g.vcf文件,用于群体的Genotype;有这一步比分开做genotype更准确。如果有新增样本,可以在这一步加入。 #Consolidate GVCFs with `GenomicsDBImport` or `CombineGVCFs`**#GenomicsDBImport:新方法,速度快,但目前一次只能处理一条染色体gatk GenomicsDBImport \-Vgvcfs/sample1.g.vcf \-Vgvcfs/sample2...
#Consolidate GVCFs with `GenomicsDBImport` or `CombineGVCFs` #GenomicsDBImport:新⽅法,速度快,但目前⼀次只能处理一条染色体 $ gatk GenomicsDBImport \ -V sample1.g.vcf \ -V sample2.g.vcf \ -V sample3.g.vcf \ #样本较多,可以⽤用-V gvcfs/*.g.vcf --genomicsdb-workspace-path my_...