当时我学习GWAS的时候,也是面临同样的问题,GWAS的流程一大堆代码,但很多都是人云亦云,模型的细节、数据的准备、结果的解读都无关紧要,好像做GWAS就为了得到QQ图和曼哈顿图。 当然,如果能先把流程走通,再学习是最优的路径,所以,我推荐先参加两天系统的培训,然后有问题,再技术答疑。GWAS分析先做后学 报名方式:微信...
如下图所示,在进行GWAS分析时候,先用上方的GLM模型获得QTNs,然后用右侧的GLM以QTNs当做协变量进行SNP检测,得到的SNP根据LD信息确定QTNs的信息,进而利用左侧的GLM以BIC(Bayesian information criterion)策略进行QTNs准确性检测,排除假设错误的部分,保留真实的QTNs,这是一个循环,然后重复不断进行,直到检测到所有关联SNP...
header=T)myGM=read.table("mdp_SNP_information.txt",header=T)myY=read.table("phe.txt")head(myY)myGAPIT=GAPIT(Y=myY[,c(1,3)],GD=myGd,GM=myGM,PCA.total=0)library(data.table)re1=fread("GAPIT.MLM.V3.GWAS.Results.csv")re2=
GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包,傻瓜式操作,一键出图出结果,一篮子的解决方案,是我最经常使用的GWAS分析软件包。 邓飞 2023/10/26 1.3K0 GAPIT使用plink数据进行GWAS分析 数据分析 大家好,我是邓飞。hmp格式是一种基因型格式,但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据,今天介绍一下plink格式的数据如何导入...
简介: SGAT丨利用GAPIT进行GWAS分析的方法 利用GAPIT进行GWAS分析的方法 引言 GAPIT是张志武老师开发的基于R语言的GWAS分析工具,能够根据表型和基因型数据自动进行不同模型的全基因组关联分析,网上有很多公开的教程。本文分享一种方法,进行单基因GWAS分析。 主要步骤 加载分析环境 导入数据 选择模型并开始分析 结果提取 ...
当然,如果能先把流程走通,再学习是最优的路径,所以,我推荐先参加两天系统的培训,然后有问题,再技术答疑。GWAS分析先做后学 报名链接(https://www.wenjuan.com/s/2U3iQfn/#) 费用:12月10日之前报名并缴费1980元/人,12月10日之后2200元/人,3人团购1800元/人。
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是利用统计学方法,基于连锁不平衡原理,将标记与目标性状进行关联,相比于连锁分析,不需要构建特殊的群体且可同时对多个性状进行分析,对QTL定位的精度可达到单基因水平。 自2005年[1],研究人员釆用GWAS分析成功地鉴定到影响年龄相关性视网膜黄斑变异(Age-related Macu...
如何利用GAPIT进行GWAS分析 全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是利用统计学方法,基于连锁不平衡原理,将标记与目标性状进行关联,相比于连锁分析,不需要构建特殊的群体且可同时对多个性状进行分析,对QTL定位的精度可达到单基因水平。 自2005年[1],研究人员釆用GWAS分析成功地鉴定到影响年龄相关性...
GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包,傻瓜式操作,一键出图出结果,一篮子的解决方案,是我最经常使用的GWAS分析软件包。 最近,GAPIT现在的版本是GAPIT3,速度比第二版有较大的提升: 更大的变化,终于有GAPIT这个软件包了,可以用library载入进去,而且安装方式可以用github安装,更符合R-style。
GAPIT软件支持的基因型格式为:hmp格式,plink数据转化为hmp格式,中间经过了很多路。现在提供另外一种解决方案,不用将plink数据转化为hmp格式,进行GWAS分析。 1. GAPIT软件的基因型数据格式:hmp 「hmp格式:」 2. GAPIT软件的基因型数据格式:Numeric格式 查看GAPIT说明文档时,发现了GAPIT还支持Numeric format,即转化为0...