GAPIT最新版安装与报错解决 本篇笔记主要内容是GWAS分析软件GAPIT最新版的安装和使用教程,包括常见的报错以及解决方案,主要出错位置在LDheatmap、stringi、nloptr、lme4等,测试安装的环境是东方天意的ECS云服务器(Linux centos7),R版本为4.2.2,虚拟环境使用conda。 什么是GWAS分析? GWAS,即基因组关联分析(Genome-...
GWAS分析软件GAPIT学习笔记 GWAS分析软件GAPIT学习笔记1:只需要输入hmp格式的基因型文件与表型文件即可2:软件安装。install.packages("gplots")install.packages("LDheatmap")install.packages("genet... 如何利用GAPIT进行GWAS分析 如何利用GAPIT进行GWAS分析。全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是利用...
现在R语言的版本是R4.2.1,这里介绍一下安装最新版的GAPIT如何安装,以及如何运行示例数据,运行处结果。安装前建议,第一电脑用户名需要是英文的,如果是中文的建议新建一个英文的用户名再安装,第二安装最新版的R4.2.1以及Rtoools软件(这个软件单独安装不是R包)。后面我列举了常见的安装错误以及解决方案。
在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。 # 安装GAPIT软件做GWAS分析 if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") source(") source(") 1. GAPIT官网 张志武老师实验室的网页: data-tool="mdnice编辑器" style="margin: 10px 0px; padding: 8px 0px; max-wid...
如何安装GAPIT? 方法一:Github R>install.packages("devtools")R>devtools::install_github("jiabowang/GAPIT",force=TRUE)R>library(GAPIT) 该方法的前提是有网络,而且能访问Github,安装的过程比较友好。 方法二:ZZlab R> source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt") ...
1,直接安装 devtools::install_github("jiabowang/GAPIT", force=TRUE)library(GAPIT) 报错: 如果网络条件允许,这种方法是可行的,但是不允许,那就用第二种,下载到本地安装。 2,本地安装 https://github.com/jiabowang/GAPIT/releases/tag/GAPIT3.5
https://github.com/jiabowang/GAPIT/releases/tag/GAPIT3.5 把压缩包放到D盘的gapit3.5文件夹中,运行代码: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 install.packages("d:/gapit3.5/GAPIT-GAPIT3.5.tar.gz",repos = NULL,type = "source") 安装好之后,显示还是3.4: 但是看帮助文档: 估计是名...
1,直接安装 devtools::install_github("jiabowang/GAPIT", force=TRUE)library(GAPIT) 报错: 如果网络条件允许,这种方法是可行的,但是不允许,那就用第二种,下载到本地安装。 2,本地安装 https://github.com/jiabowang/GAPIT/releases/tag/GAPIT3.5
#安装GAPIT软件做GWAS分析 if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R") source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt") 1. GAPIT官网 张志武老师实验室的网站: http://www.zzlab.net/GAPIT/ GAPIT说明文档:...
网站:https://github.com/jiabowang/GAPIT 1,直接安装 devtools::install_github("jiabowang/GAPIT", force=TRUE)library(GAPIT) 报错: 如果网络条件允许,这种方法是可行的,但是不允许,那就用第二种,下载到本地安装。 2,本地安装 https://github.com/jiabowang/GAPIT/releases/tag/GAPIT3.5 把压缩包放到D盘...