现在提供另外一种解决方案,不用将plink数据转化为hmp格式,进行GWAS分析。 另外,如果还没有安装GAPIT软件,可以参考这篇博文:如何安装GWAS软件包:GAPIT 1. GAPIT软件的基因型数据格式:hmp 「hmp格式:」 2. GAPIT软件的基因型数据格式:Numeric格式 查看GAPIT说明文档时,发现了GAPIT还支持Numeric format,即转化为0-1-2...
GAPIT分析 myGAPIT <- GAPIT( Y=myY, G=myG, PCA.total=3, model="MLM", Random.model = TRUE ) 该步骤是GWAS的核心步骤,根据样本数据量的不同,这一步耗费的时间也不同,完成后会看到很多自动生成的图片和表格文件,该步骤可以选择不同的模型,比如MLM等。 setwd(now_dir) print(paste0(job," GWAS ...
简介: SGAT丨利用GAPIT进行GWAS分析的方法 利用GAPIT进行GWAS分析的方法 引言 GAPIT是张志武老师开发的基于R语言的GWAS分析工具,能够根据表型和基因型数据自动进行不同模型的全基因组关联分析,网上有很多公开的教程。本文分享一种方法,进行单基因GWAS分析。 主要步骤 加载分析环境 导入数据 选择模型并开始分析 结果提取 ...
1.3利用GAPIT进行GWAS分析,首先把基因型和表型数据准备好,存放在一个文件夹下,我这里是存放在D盘,名字叫GWAS_gapit3 打开R,将下面这些代码全部复制到R里面,然后回车就好啦! (如果需要下载东西的话,点击确定,然后下载相关安装包) source("http://www.zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")#载入gapit3安装包 source(...
那么,话不多说,我们直接观看视频看看GWAS到底如何操作。(建议在wifi环境下观看~~) 视频简介 1)简单介绍GAPIT;说明输入和输出文件;介绍一些实际的参数; 2)通过网页说明如何安装R,和获取GAPIT信息; 3)选取重要输入文件进行说明和展示; 4)实际操作:安装R包,加载R包,实际分析代码简单说明和运行代码(内有案例); 5)...
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是利用统计学方法,基于连锁不平衡原理,将标记与目标性状进行关联,相比于连锁分析,不需要构建特殊的群体且可同时对多个性状进行分析,对QTL定位的精度可达到单基因水平。 自2005年[1],研究人员釆用GWAS分析成功地鉴定到影响年龄相关性视网膜黄斑变异(Age-related Macu...
利用GAPIT进行GWAS分析的方法 引言 GAPIT是张志武老师开发的基于R语言的GWAS分析工具,能够根据表型和基因型数据自动进行不同模型的全基因组关联分析,网上有很多公开的教程。本文提供一种方法,进行单基因GWAS分析。 主要步骤 加载分析环境 导入数据 选择模型并开始分析 ...
大家好,我是邓飞。hmp格式是一种基因型格式,但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据,今天介绍一下plink格式的数据如何导入到GAPIT软件中进行分析。 GAPIT软件支持的基因型格式为:hmp格式,plink数据转化为hmp格式,中间经过了很多路。现在提供另外一种解决方案,不用将plink数据转化为hmp格式,进行GWAS分析。
GAPIT软件支持的基因型格式为:hmp格式,plink数据转化为hmp格式,中间经过了很多路。现在提供另外一种解决方案,不用将plink数据转化为hmp格式,进行GWAS分析。 1. GAPIT软件的基因型数据格式:hmp 「hmp格式:」 2. GAPIT软件的基因型数据格式:Numeric格式 查看GAPIT说明文档时,发现了GAPIT还支持Numeric format,即转化为0...
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是利用统计学方法,基于连锁不平衡原理,将标记与目标性状进行关联,相比于连锁分析,不需要构建特殊的群体且可同时对多个性状进行分析,对QTL定位的精度可达到单基因水平。 自2005年[1],研究人员釆用GWAS分析成功地鉴定到影响年龄相关性视网膜黄斑变异(Age-related Macu...