过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory>#SUBJECTS_DIR变量为存...
该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 AI检测代码解析 $> export SUBJECTS_DIR=<path to subject directory> # SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录 $> recon-all -i sample-001.nii.gz...
过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory># SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录$> recon-all -i sample-001.nii.gz...
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL) FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast FSF_OUTPUT_FORMAT nii SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni 一些警告可以直接忽略,但是如果说文件或文件夹找不到的,就要关...
当我们手里有T1图像的nii文件,并且已经通过了质量控制后,如何通过nii文件获得可以直接进行计算的形态学指标呢? 形态学指标 首先我们需要了解T1图像可以获得哪些形态学指标,常见的有灰质体积、皮层厚度、表面积、沟回深度4类,其中灰质体积是在volume水平获得,其他3个指标都是在surface 水平获得 ...
DICOM既是一种通信协议,也是一种文件格式,这意味着它可以在一个文件中存储医疗信息,例如MRI图像以及患者的信息。该格式可确保所有数据保持在一起,并提供在支持 DICOM 格式的设备之间传输所述信息的能力。 2.2.2 快速上手的例子 recon-all -i file的名字.dcm或file的名字.nii -subject subject的名字 -all...
recon-all命令可以处理原始数据进行脑区分割,改命令使用的文件类型为.mgz/.nii/.nii.gz当文件格式为其他格式时候,可使用命令mri_convert ? ?.nii或者mris_convert ? ?.nii freesurfer中各个脑区对应的索引(皮下组织的索引)可以从$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt文件中查看: ...
该格式可确保所有数据保持在一起,并提供在支持 DICOM 格式的设备之间传输所述信息的能力。 2.2.2 快速上手的例子 recon-all -i file的名字.dcm或file的名字.nii -subject subject的名字 -all 参考链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/588468017
23、FER-.HOME/SetUPFreeSUrfer.cshusrlocalfreesurfer usrlocalfreesurferfsfast niigzusrlocalfreesurferSUbjeCtS usrlocalf reesurfermni. freesurfer-Linux-cetos6x86-64-dev-216126 Setting UP environment for FreeSUrfer/FS-FAST (and FSL)UbUnty:*> freeviewFREESURFER-HoME FSFAST_HOME FSF-OUTPUT,FORMAT SUBJECTS...
recon-all -i input.nii.gz -subjid subject_id -all 7.注册到标准空间:将脑部分割后的表面模型注册到MNI标准空间,以便进行后续的丘脑核团分割。 mri_surf2surf --srcsubject subject_id --trgsubject fsaverage --hemi lh --sval-annot $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/lh.aparc.annot --tval su...