2.nii.gz文件转mgz文件 使用同一个命令 mri_convert sample-001.nii.gz sample-001.mgz 注:该命令通过文件后缀来判断原文件和目标文件
recon-all命令可以处理原始数据进行脑区分割,改命令使用的文件类型为.mgz/.nii/.nii.gz当文件格式为其他格式时候,可使用命令mri_convert ? ?.nii或者mris_convert ? ?.nii freesurfer中各个脑区对应的索引(皮下组织的索引)可以从$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt文件中查看: 皮层下体积统计信息保存在bert/...
过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory># SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录$> recon-all -i sample-001.nii.gz...
该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 $> export SUBJECTS_DIR=<path to subject directory> # SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录 $> recon-all -i sample-001.nii.gz -s bert -all...
good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue \ ...
过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 代码语言: $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory>#SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录 ...
当我们手里有T1图像的nii文件,并且已经通过了质量控制后,如何通过nii文件获得可以直接进行计算的形态学指标呢? 形态学指标 首先我们需要了解T1图像可以获得哪些形态学指标,常见的有灰质体积、皮层厚度、表面积、沟回深度4类,其中灰质体积是在volume水平获得,其他3个指标都是在surface 水平获得 ...
Example 1:Convert the sample-001.mgz to nifti format. $>cp$FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz.$>mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz...reading from sample-001.mgz...TR=7.25,TE=3.22,TI=600.00,flip angle=7.00i_ras=(-0,-1,-0)j_ras=(-0,0,-1)k_ras=(-1,0,0)...
freeview -v \ good_output/mri/T1.mgz \ good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue ...
mris_euler_number sub1/surf/lh.orig mris_euler_number sub1/surf/lh.white mris_euler_number sub1/surf/lh.pial 如果这三个命令生成的数字完全一样,就没有 top 结构问题,然后我们再进行视觉检查,首 先检查 register: tkregister2 --mgz --s sub1 --fstal --surf orig 然后检查 tkmedit 和 tksurf...