过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory>#SUBJECTS_DIR变量为存...
该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 AI检测代码解析 $> export SUBJECTS_DIR=<path to subject directory> # SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录 $> recon-all -i sample-001.nii.gz...
过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory># SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录$> recon-all -i sample-001.nii.gz...
recon-all命令可以处理原始数据进行脑区分割,改命令使用的文件类型为.mgz/.nii/.nii.gz当文件格式为其他格式时候,可使用命令mri_convert ? ?.nii或者mris_convert ? ?.nii freesurfer中各个脑区对应的索引(皮下组织的索引)可以从$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt文件中查看: 皮层下体积统计信息保存在bert/...
tkmedit bert norm.mgz -segmentation aseg.mgz $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt 注意:在旧版本中使用tkmedit可能需要再aseg.mgz路径中包含”mri/”。 在脑部的区域移动鼠标时显示的标签信息来自“Sgmtn标签”控件。 3) tksurfer (surface viewer) 查看表面,输入下面的命令: tksurfer bert rh pial...
good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/rh.pial:edgecolor=red ...
当我们手里有T1图像的nii文件,并且已经通过了质量控制后,如何通过nii文件获得可以直接进行计算的形态学指标呢? 形态学指标 首先我们需要了解T1图像可以获得哪些形态学指标,常见的有灰质体积、皮层厚度、表面积、沟回深度4类,其中灰质体积是在volume水平获得,其他3个指标都是在surface 水平获得 ...
good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue \ ...
2、gh(voLfnamez M, <rr-parms>)z M is the 4x4 vox2ras transform vertices, IabelZ COIOrtable = GOCLQOtcItiOn(filenome f verbosity)4、.mgh 及.rgz 是 freesurfer 使用的 MRl VOlUme 格式,类似于 NifTI,需用 IOoeLrngh 和 save-mgh函数打开读取或生成.mgh格式文件,从而在freesurfer上使用。导入matla...
mri_segstats --annot subject_id.lh.aparc.annot --iaseg aseg.mgz --sum aseg.stats 11.查看结果:查看生成的结果文件aseg.stats,其中包含了各个丘脑核团的体积和其他统计信息。 5. 结果解释 根据上述步骤运行完丘脑核团分割指令后,我们可以得到一个包含各个丘脑核团统计信息的结果文件aseg.stats。该文件使用...