过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory>#SUBJECTS_DIR变量为存...
过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 $>exportSUBJECTS_DIR=<path to subject directory># SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录$> recon-all -i sample-001.nii.gz...
以下是一个使用freeview查看处理结果的示例: freeview-v $SUBJECTS_DIR/subject_name/mri/T1.mgz \n-v $SUBJECTS_DIR/subject_name/mri/brainmask.mgz \n-f $SUBJECTS_DIR/subject_name/surf/lh.white:edgecolor=blue \n-f $SUBJECTS_DIR/subject_name/surf/rh.white:edgecolor=blue 3. 高级功能 FREESURF...
该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 AI检测代码解析 $> export SUBJECTS_DIR=<path to subject directory> # SUBJECTS_DIR变量为存储数据的目录 $> recon-all -i sample-001.nii.gz...
当我们手里有T1图像的nii文件,并且已经通过了质量控制后,如何通过nii文件获得可以直接进行计算的形态学指标呢? 形态学指标 首先我们需要了解T1图像可以获得哪些形态学指标,常见的有灰质体积、皮层厚度、表面积、沟回深度4类,其中灰质体积是在volume水平获得,其他3个指标都是在surface 水平获得 ...
aseg.mgz:subcortical segmentation(皮层下分割) loaded with its corresponding color table and at a low opacity(皮下分割加载了相应颜色表,且不透明度较低). 其中命令中的-f用来加载页面 使用freesurfer查看3D表面 官方教程中只给出了显示左半脑的过程 ...
tkmedit bert norm.mgz -segmentation aseg.mgz $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt 注意:在旧版本中使用tkmedit可能需要再aseg.mgz路径中包含”mri/”。 在脑部的区域移动鼠标时显示的标签信息来自“Sgmtn标签”控件。 3) tksurfer (surface viewer) 查看表面,输入下面的命令: tksurfer bert rh pial...
good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue \ ...
good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue \ ...
1) convert aparc+aseg from mgz to nii.gz using: mri_convert aparc+aseg.mgz aparc+aseg.nii.gz 2) create mask between overlay and the atlas using fslmaths: fslmaths aparc+aseg.nii.gz -mas overlay.nii.gz overlay_overlap.nii.gz