1.find_circ的安装 #find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上,同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 1wgethttps://github.com/marvin-jens/find_circ/archive/v1.2.tar.gz2tar-xzvf v1.2.tar.gz 2.参考基因组的下载 #通过fetch_ucsc....
cat align.sam|find_circ.py-Ghg19.fa-p hsa_>splice_sites.bed 结果如下所示 -p参数指定的是第四列内容的前缀,建议指定为物种对应的三字母缩写,需要注意的是,在sites.bed中同时包含了环状RNA和线性RNA,环状RNA的名称用circ标识,线性RNA的名称用norm标识。 6. 结果筛选 根据以下规则对结果进行筛选 根据关键词...
Find_circ将这些mapping不上的reads各取两头20bp(保证可以唯一比对到基因组上),再次mapping到基因组上。接下来,通过短序列比对来判断GU/AG剪切位点,从而推测出潜在的环状RNA序列。图1给出环状RNA的预测过程: 图1 环状RNA预测过程 下面给大家介绍find_circ的工作流程和命令行参数 1 安装 Find_circ需要运行在装有pyt...
代码如下 cat align.sam | find_circ.py -G hg19.fa -p hsa_ > splice_sites.bed 1. 结果如下所示 -p参数指定的是第四列内容的前缀,建议指定为物种对应的三字母缩写,需要注意的是,在sites.bed中同时包含了环状RNA和线性RNA,环状RNA的名称用circ...
下面给大家介绍find_circ的工作流程和命令行参数 1 安装 Find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上,同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 2 基于RNA-Seq的基因组比对(pair-end模式) ...
find_circ使用 # 下载find_circ程序包 $ git clone https://github.com/marvin-jens/find_circ.git # 获得unmapped reads $ bowtie2 -p16 --very-sensitive --phred64 --score-min=C,-15,0--mm -M20 -x hg19.fa -Uout.SRR364679.fq geo > bowtie2.log |samtools view -hbuS - |samtools sort...
circ_find使用 佳名关注IP属地: 香港 0.3782019.07.29 08:04:04字数 660阅读 853 一、提取未比对上的序列 ls *bt2.sam |while read id do samtools fastq -@ 2 -f 4 -N $id -1 ${id%.*}_1.fq -2 ${id%.*}_2.fq -s ${id%.*}_single.fq; gzip ${id%.*}_1.fq ${id%.*}_2....
find_circ 的基本原理: find_circ根据Bowtie2比对结果,从没有比对到参考序列的 reads 的两端各提取 20nt 的 anchor 序列,将每一对 anchor 序列再次与参考序列比对。如果 anchor 序列的 5' 端比对到参考序列(起始与终止位点分别记为 A3,A4),anchor 序列的 3' 端比对到此位点的上游(起始与终止位点分别记为 ...
Linux - Shell - find - 基础 2019-12-17 15:49 −1. 概述 1. find 基础 2. 背景 1. 查找文件 1. 人的记忆能力, 是有限的 2. 计算机里的文件数量, 虽然不是无限, 但是也不少 3. 要去找那些 记不清楚的文件, 必然要用查找 3. 准备 1. OS 1. cento... ...
下面给大家介绍find_circ的工作流程和命令行参数 1 安装 Find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上,同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 2 基于RNA-Seq的基因组比对(pair-end模式) ...