cat align.sam|find_circ.py-Ghg19.fa-p hsa_>splice_sites.bed 结果如下所示 -p参数指定的是第四列内容的前缀,建议指定为物种对应的三字母缩写,需要注意的是,在sites.bed中同时包含了环状RNA和线性RNA,环状RNA的名称用circ标识,线性RNA的名称用norm标识。 6. 结果筛选 根据以下规则对结果进行筛选 根据关键词...
1.find_circ的安装 #find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上,同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 1wgethttps://github.com/marvin-jens/find_circ/archive/v1.2.tar.gz2tar-xzvf v1.2.tar.gz 2.参考基因组的下载 #通过fetch_ucsc....
find_circ原理 find_circ原理 环形RNA是RNA家族中的特殊成员，形状像闭合的环状结构，不像普通RNA呈线性。这类RNA分子在细胞里承担调控基因表达、影响疾病发展的任务，寻找它们的存在对理解生命活动有重要价值。find_circ作为检测环形RNA的工具，通过分析高通量测序数据定位环形结构的位置，在生物医学研究领域应用广泛。环...
find_circ 通过识别junction reads 来预测circRNA 和参考基因组比对完之后,首先剔除和基因组完全比对的reads,保留没比对上的reads, 这部分reads 直接比是比对不上基因组的,因为其来自不同的外显子区域,直接比对的话不允许这么大片段的缺失,那么如何区分剪切的spliced read 和 来自环状RNA的junction read呢,从上面的示...
circBase是环状RNA数据库的开山鼻祖,其中的环状RNA都是采用find_circ这个软件预测得到的。该软件的原理如下 和参考基因组比对完之后,首先剔除和基因组完全比对的reads,只保留没比对上的reads。这部分reads直接比是比对不上基因组的,因为其来自不同的外显子区域,直接比对的话不允许这么大片段的缺失。
find_circ https://github.com/marvin-jens/find_circgithub.com/marvin-jens/find_circ # 第一步:构建 bowtie2 索引 bowtie2-build hg38.fa hg38 # 第二步:用 bowtie2 比对 bowtie2 -p16 --very-sensitive --score-min=C,-15,0 --mm \ ...
find_circ.py参数介绍 --prefix参数指定的是spliced_sites.bed文件中第四列内容的前缀，建议指定为物种对应的三字母缩写，需要注意的是，在spliced_sites_bed中同时包含了环状RNA和线性RNA,环状RNA的名称用circ标识，线性RNA的名称用norm标识，这里设置为--prefix=hsa_ --name参数会在生成的spliced...
language versions(语言版本) for you to read. If you want 6^{\circ}___(find) some information, just click(点击) it. 68.___ you don't need to pay any money for it, which makes it the 69.___(seven) most popular website(网站) in the world. Every user 70.___(help) to ma...
Usage: bowtie2 [mapping options] anchors.fastq.gz | find_circ.py [options] > candidates.bed Options: -h, --help show this help message and exit -v, --version get version information -S SYSTEM, --system=SYSTEM model system database (optional! Requires byo library.) -G GENOME, --geno...
circ_find使用 佳名关注IP属地: 香港 0.3782019.07.29 08:04:04字数 660阅读 883 一、提取未比对上的序列 ls *bt2.sam |while read id do samtools fastq -@ 2 -f 4 -N $id -1 ${id%.*}_1.fq -2 ${id%.*}_2.fq -s ${id%.*}_single.fq; gzip ${id%.*}_1.fq ${id%.*}_2....