find_circ原理 环形RNA是RNA家族中的特殊成员，形状像闭合的环状结构，不像普通RNA呈线性。这类RNA分子在细胞里承担调控基因表达、影响疾病发展的任务，寻找它们的存在对理解生命活动有重要价值。find_circ作为检测环形RNA的工具，通过分析高通量测序数据定位环形结构的位置，在生物医学研究领域应用广泛。环形RNA的形成依赖...
1.find_circ的安装 #find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上,同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 1wgethttps://github.com/marvin-jens/find_circ/archive/v1.2.tar.gz2tar-xzvf v1.2.tar.gz 2.参考基因组的下载 #通过fetch_ucsc....
cat align.sam|find_circ.py-Ghg19.fa-p hsa_>splice_sites.bed 结果如下所示 -p参数指定的是第四列内容的前缀,建议指定为物种对应的三字母缩写,需要注意的是,在sites.bed中同时包含了环状RNA和线性RNA,环状RNA的名称用circ标识,线性RNA的名称用norm标识。 6. 结果筛选 根据以下规则对结果进行筛选 根据关键词...
find_circ 通过识别junction reads 来预测circRNA 和参考基因组比对完之后,首先剔除和基因组完全比对的reads,保留没比对上的reads, 这部分reads 直接比是比对不上基因组的,因为其来自不同的外显子区域,直接比对的话不允许这么大片段的缺失,那么如何区分剪切的spliced read 和 来自环状RNA的junction read呢,从上面的示...
find_circ https://github.com/marvin-jens/find_circgithub.com/marvin-jens/find_circ # 第一步:构建 bowtie2 索引 bowtie2-build hg38.fa hg38 # 第二步:用 bowtie2 比对 bowtie2 -p16 --very-sensitive --score-min=C,-15,0 --mm \ ...
Usage: bowtie2 [mapping options] anchors.fastq.gz | find_circ.py [options] > candidates.bed Options: -h, --help show this help message and exit -v, --version get version information -S SYSTEM, --system=SYSTEM model system database (optional! Requires byo library.) -G GENOME, --geno...
字面意思 发现循环和匹配。我的理解是 做人外圆内方，与人为善，和谐社会 英语
针对你遇到的错误 error: could not find a version that satisfies the requirement adafruit-circ,这里有几个可能的解决步骤和建议: 确认包名是否正确: 首先,请确认你输入的包名 adafruit-circ 是否正确。有时候,一个小小的拼写错误就可能导致pip无法找到对应的包。 在pip中搜索包: 你可以使用以下命令来搜索pip...
find_circ原理 一句话来概括就是找寻反向可变剪切接头序列 (back-spliced junction) 来鉴定circRNA。 大致的步骤如下,首先获得unmapped到参考基因组上的片段,取每一个片段两端20mers分别比对到剪切的外显子上,挑取以相反方向排列的锚定位置(anchor positions),扩展对齐之间的序列,GU/AG为剪切位点。
英文原文：read find and circle 英式音标：[riːd] [faɪnd] [ənd; (ə)n; ænd] [ˈsɜːk(ə)l]美式音标：[rid] [faɪnd] [əndˌ ənˌænd] [ˈsɝkl]