FEP可以认为是一个集合内数个配体自由能差值的计算,两两组合成ligand pairs,去构建体系计算该pair的自由能差值(图一)。 图二、一对FEP ligand pair的计算体系 2.1 微扰图(perturbation map)的构建 由于FEP是几个配体之间的比较,但实际计算是两个配体之间的差值,因此第一个问题就是,该如何去定义哪些pair需要计算
从上式可以看出自由能之差的系综平均可以由两个体系的平均通过近似计算求解出来。体系的系综平均可以通过多种方法得出,常见的就是分子动力学和Monte Carlo方法。 分子动力学和 Monte Carlo 求解微扰系综的讨论 1.微扰法本身就是将体系小的变化拆解为更小的变化之和,如果体系的Hamilton量变化很大,那么一般微扰法将不再...
研究者使用 ABFEP 模拟对 ITK 的活性和非活性形式进行了双重模拟,通过比较两种形式的结合自由能,对 11 种化合物的分类进行了预测。结果显示,10 种化合物被成功分类。ABFEP 计算不仅能预测分类,还能量化亲和力差异,但目前仅有活性和非活性形式的偏好数据可供验证。 通过MD 模拟进一步探索化合物偏好 ITK 活性或非活...
相比之下,绝对自由能微扰(AFEP)在理论上更能准确鉴定命中率,但其处理速度慢,与虚拟筛选的快速对接和评分函数标准不符。 本研究提出了一种结合主动学习和基于物理的评分函数的综合工作流程,利用快速的绝对自由能微扰方法高效地筛选大型多样化化学库。该方法在排列结构相关配体、提升虚拟筛选命中率及主动学习化学空间探索...
FEP（Free energy perturbation，自由能微扰）是当今能采用的最高精度计算手段，通过炼金术转变(alchemical transformations）的连贯性MD模拟，比较一对化合物之间相对自由能的变化差别，实现对分子改造策略的精准分析。目前进行FEP计算主要使用商业化软件，如薛定谔的FEP+、Cresset的Flare V3以及深势科技的Uni-...
自由能微扰 (FEP) 是一种计算两个系统之间自由能差的方法,可以用在药物发现过程的先导物优化阶段,以估计不同小分子与感兴趣的生物分子靶标之间的相对结合自由能。在过去的十年中,FEP 已经从一种适用于模型系统的技术转变为在药物发现中估计相对结合自由能的最准确和应用最广泛的方法之一。不过 FEP 计算通常涉及数...
自由能微扰（FEP）— A short introduction in drug discovery 作者：Terry Sun 物理学或者物理化学中的自由能微扰由来已久，至少在二十世纪五十年代即已存在。吉布斯自由能的变化只与起始状态和最终状态有关，不管变化路径如何，始终态之间的差值是固定的，就像黄河上下游的两座城市，可以有很多条路连接，但不管这些路...
软件名称深势唯思FEP结合自由能微扰计算PC端软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2021SR2006800分类号- 著作权人上海深势唯思科技有限责任公司首次发表日期2021-10-15 登记日期2021-12-06 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12025-03-04深势唯思固态电解质材料迁移势垒预测计算软件-2025SR...
能算MD的配置跑FEP基本上都没啥问题。个人感觉PyAutoFEP默认配置计算结果很不精确，远差于薛定谔的FEP+...
AlphaFold2 预测出的蛋白结构在药物研发过程中,尤其是在自由能微扰(FEP)计算上,与晶体结构显示出可比较的准确性。 AlphaFold2 与自由能微扰(FEP)的融合 研究者通过对一组知名的蛋白-配体复合物进行自由能微扰(FEP)计算来探索这一议题。在这些计算中,AlphaFold2 的预测是基于剔除了所有与靶标蛋白有超过 30%序列一致...