最后,当今能采用的最高精度的计算手段即是FEP(Free energy perturbation,自由能微扰),通过炼金术转变 (alchemical transformations)的连贯性MD模拟,比较一对化合物之间相对自由能的变化差别。 个人项目经验中,计算方法与酶活实验的精度可以初步归纳为 目前想进行FEP计算,可用的基本上只有商业化软件:薛定
目标: 完成靶点3HTB与苯环的绝对结合自由能计算 (ABFE)以估算小分子对靶点蛋白的亲和力解决问题:自由能计算难以在本地完成,GPU使用费用也相对较高,本流程充分利用大厂免费GPU额度完成该计算。依赖:所有软件…
相对自由能微扰(RFEP)及类似方法虽是结合亲和力预测的标准工具,但计算成本高,且需依赖已知活性的结构类似物。相比之下,绝对自由能微扰(AFEP)在理论上更能准确鉴定命中率,但其处理速度慢,与虚拟筛选的快速对接和评分函数标准不符。 本研究提出了一种结合主动学习和基于物理的评分函数的综合工作流程,利用快速的绝对自由...
🔬 结合自由能与实验数据相关性显示了 ABFEP 的准确性。 🚀 通过比较活性和非活性形式的结合自由能差异,实现了 ITK 抑制剂的有效区分。 研究者计算了六种非活性形式结合剂(A-F)和五种活性形式结合剂(G-K)的绝对结合自由能。结果显示,计算所得结合自由能与实验数据具有合理的相关性。通过比较活性和非活性形...
FEP（Free energy perturbation，自由能微扰）是当今能采用的最高精度计算手段，通过炼金术转变(alchemical transformations）的连贯性MD模拟，比较一对化合物之间相对自由能的变化差别，实现对分子改造策略的精准分析。目前进行FEP计算主要使用商业化软件，如薛定谔的FEP+、Cresset的Flare V3以及深势科技的Uni-...
自由能微扰 (FEP) 是一种计算两个系统之间自由能差的方法,可以用在药物发现过程的先导物优化阶段,以估计不同小分子与感兴趣的生物分子靶标之间的相对结合自由能。在过去的十年中,FEP 已经从一种适用于模型系统的技术转变为在药物发现中估计相对结合自由能的最准确和应用最广泛的方法之一。不过 FEP 计算通常涉及数...
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能算MD的配置跑FEP基本上都没啥问题。个人感觉PyAutoFEP默认配置计算结果很不精确，远差于薛定谔的FEP+...
软件名称深势唯思FEP结合自由能微扰计算PC端软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2021SR2006800分类号- 著作权人上海深势唯思科技有限责任公司首次发表日期2021-10-15 登记日期2021-12-06 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12025-03-04深势唯思固态电解质材料迁移势垒预测计算软件-2025SR...
从上式可以看出自由能之差的系综平均可以由两个体系的平均通过近似计算求解出来。体系的系综平均可以通过多种方法得出,常见的就是分子动力学和Monte Carlo方法。 分子动力学和 Monte Carlo 求解微扰系综的讨论 1.微扰法本身就是将体系小的变化拆解为更小的变化之和,如果体系的Hamilton量变化很大,那么一般微扰法将不再...