从上式可以看出自由能之差的系综平均可以由两个体系的平均通过近似计算求解出来。体系的系综平均可以通过多种方法得出,常见的就是分子动力学和Monte Carlo方法。 分子动力学和 Monte Carlo 求解微扰系综的讨论 1.微扰法本身就是将体系小的变化拆解为更小的变化之和,如果体系的Hamilton量变化很大,那么一般微扰法将不再...
在这个方向上,已经开发了相对结合自由能方法,它依靠基于物理的分子模拟和严格的统计力学来计算母体候选药物和类似物之间结合自由能的差异。例如,自由能微扰(FEP) 计算将初始(参考)分子和最终(目标)分子之间的自由能差计算为通过初始状态采样评估的能量差函数的平均值。 然而目前支持FEP的商业软件价格昂贵,学术软件有众多...
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自由能微扰 (FEP) 是一种计算两个系统之间自由能差的方法,可以用在药物发现过程的先导物优化阶段,以估计不同小分子与感兴趣的生物分子靶标之间的相对结合自由能。在过去的十年中,FEP 已经从一种适用于模型系统的技术转变为在药物发现中估计相对结合自由能的最准确和应用最广泛的方法之一。不过 FEP 计算通常涉及数...
能算MD的配置跑FEP基本上都没啥问题。个人感觉PyAutoFEP默认配置计算结果很不精确，远差于薛定谔的FEP+...
深势唯思FEP结合自由能微扰计算PC端软件是由上海深势唯思科技有限责任公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR2006800,属于分类,想要查询更多关于深势唯思FEP结合自由能微扰计算PC端软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
NAMD明确表示不支持GPU计算FEP，查了下，GROMACS也不行。哪位知道有没有动力学软件支持GPU算自由能的？
自由能扰动(FEP)计算通常用于药物发现,以估计小分子与生物分子靶标的相对FEB (RFEB)。使用增强采样可以改善预测和实验数据之间的相关性,尤其是在具有构象变化的系统中。但由于药物发现活动需要大量扰动,FEP计算的手动设置不再可行。本文介绍了PyAutoFEP,一种灵活的开源工具,可帮助设置RFEB FEP。PyAutoFEP是用Python3...
自由能微扰 (FEP) 是一种计算两个系统之间自由能差的方法,可以用在药物发现过程的先导物优化阶段,以估计不同小分子与感兴趣的生物分子靶标之间的相对结合自由能。在过去的十年中,FEP 已经从一种适用于模型系统的技术转变为在药物发现中估计相对结合自由能的最准确和应用最广泛的方法之一。不过 FEP 计算通常涉及数...
自由能微扰 (FEP) 是一种计算两个系统之间自由能差的方法,可以用在药物发现过程的先导物优化阶段,以估计不同小分子与感兴趣的生物分子靶标之间的相对结合自由能。在过去的十年中,FEP 已经从一种适用于模型系统的技术转变为在药物发现中估计相对结合自由能的最准确和应用最广泛的方法之一。不过 FEP 计算通常涉及数...