最后,当今能采用的最高精度的计算手段即是FEP(Free energy perturbation,自由能微扰),通过炼金术转变 (alchemical transformations)的连贯性MD模拟,比较一对化合物之间相对自由能的变化差别。 个人项目经验中,计算方法与酶活实验的精度可以初步归纳为 目前想进行FEP计算,可用的基本上只有商业化软件:薛定谔的FEP+、Cresset...
自由能微扰法(Free Energy Perturbation,FEP)是一种计算溶剂自由能的常用方法。溶剂自由能是指将物质从一个介质转移到另一个介质时,由于溶剂分子与溶质分子之间的相互作用产生的能量差异。通过计算溶剂自由能,可以了解溶质在不同溶剂中的溶解性和相互作用特性,对于药物设计、催化剂设计等领域具有重要意义。 自由能微扰法...
自由能微扰方法(Free Energy Perturbation, FEP):通过“炼金术”中间体计算从纯单重态到纯三重态的自由能变化。这种方法基于Zwanzig方程,通过计算不同状态之间的能量差来估算自由能变化。 量子力学/分子力学(QM/MM)方法:结合量子力学(QM)和分子力学(MM)方法,模拟DNA中的三重态能量。QM部分用于处理电子结构,而MM部...
FEP（Free energy perturbation，自由能微扰）是当今能采用的最高精度计算手段，通过炼金术转变(alchemical transformations）的连贯性MD模拟，比较一对化合物之间相对自由能的变化差别，实现对分子改造策略的精准分析。目前进行FEP计算主要使用商业化软件，如薛定谔的FEP+、Cresset的Flare V3以及深势科技的Uni-...
自由能微扰(Free Energy Perturbation ,FEP)是药物发现领域一个快速发展的技术,Cresset Discovery的专业建模专家团队正在建立一个快速增长的成功完成FEP项目的系列技术组合。要想FEP项目取得最佳的成功机会,需要满足许多关键的数据要求,在本文中,我们概述了运行FEP计算的理想起点。然而,在无法获得这种水平数据的情况下,我们...
AQFEP(Advanced Quantum Free Energy Perturbation)方法在虚拟筛选工作流程中进行了评估,主要关注两个方面: 1)对共轭配体的结合自由能估算; 2)在虚拟筛选中的应用。 在速度方面,AQFEP 通过减少每个 lambda 窗口的分子动力学模拟时间,显著提高了处理速度,从而能在较短时间内筛选数以万计的配体。例如,当使用 20k NVID...
1) free energy perturbation 自由能微扰1. Molecular dynamics (MD) and free energy perturbation (FEP) studies were carried out on two enzyme-inhibitor complex of human Matrix Metalloproteinase-3 to obtain energy preference of the two inhibitors. 用自由能微扰方法(FEP)计算了2种hydroxamate类的抑制剂...
1) free energy perturbation 自由能微扰法 1. Chiral recognition of amino acids byα-cyclodextrin usingfree energy perturbationcalculation; 自由能微扰法用于α-环糊精对氨基酸的手性识别研究 2) free energy perturbation 自由能微扰 1. Molecular dynamics (MD) andfree energy perturbation(FEP) studies were ca...
筛选结果表明通过加速的FEP-ABFE预测方法进行的虚拟筛选已显示出极好的准确性，在Ki = 4μM的阈值下，命中率高达60％。基于FEP-ABFE预测的虚拟筛选方法将在许多其他药物重新利用或发现新的药物工作中将十分有用。参考文献 Identify potent SARS-CoV-2 main protease inhibitors via accelerated free energy perturbation-...