FeaturePlot(object=sce2,features="CD3D",pt.size=1,order=T)+scale_colour_gradientn(colours=rev(brewer.pal(n=10,name="RdBu")))+DarkTheme()+theme(text=element_text(size=14))+theme(text=element_text(face="bold"))+theme(legend.text=element_text(size=8)) 此处简单的示例,更多的参考ggplot2...
在使用FeaturePlot时，图例是默认显示的，但有时我们可能希望对其进行调整或完全去掉。为此，我们可以利用NoLegend()、NoAxes()以及theme()等参数来达成目的。例如，若要隐藏坐标轴和图例，并添加边框，可以这样操作：FeaturePlot(sce.all.int, features = g2, cols = c("lightblue", "white", "darkred"), ...
我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作图神器电脑软件OmicsTools,欢迎大家使用进行生物医学科研数据分析和作图,不需要学编程写代码,分析次数没有限制,可以无限使用,让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究 我开发的本地零代码全能生信软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库...
本文首发于 生信补给站 : scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这 单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot,VlnPlot 和DoHeatmap几种,Seurat中均可以很简单的实现,但是文献中的图大多会精美很多。 之前跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图,坐标位置 ,颜色 ,大小还不是你说了算 介绍过...
featureplot是一个R语言中的函数,它可以通过图形化展示数据的特征分布情况。该函数通常与其他数据分析和机器学习算法一起使用,可以帮助我们更好地理解数据和特征之间的关系。featureplot参数可用于多种类型的数据,包括数值型、分类型和时间序列数据等。 3. featureplot参数的使用 featureplot函数的基本语法如下: featureplot(...
1. 什么是单细胞测序及FeaturePlot的基本概念 单细胞测序(Single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)是一种高通量测序技术,允许研究者同时测量单个细胞内的基因表达情况。该技术能够揭示细胞间的异质性,识别稀有细胞类型,并理解生物过程中细胞状态的变化。 FeaturePlot是单细胞数据分析中的一种常见可视化工具,特别是在使用...
$ find . | grep -P "(R|c)$" | grep -v "notes" | xargs grep -in "FeaturePlot" --color=auto 2>/dev/null ./seurat-4.1.0/R/visualization.R:971:FeaturePlot <- function( 该可视化函数十分重要。使用频率挺高。该函数对ggplot2的改造也很专业,特别是多多个小图进行排列和拼接的过程,值得反复...
FeaturePlot是Seurat包中的一个函数,用于可视化单细胞RNA测序数据中的基因表达情况。它可以将不同样本、细胞类型或状态之间的差异展示出来,并帮助我们发现重要的基因和生物学特征。 下面将对FeaturePlot函数中常用的参数进行详细介绍。 1. object object参数指定了要绘制的Seurat对象,可以是一个单独的样本或多个样本组成的...
featurePlot是R语言中的一个函数,它能够帮助我们可视化不同特征变量与目标变量之间的关系。通常用于分类问题,能够通过图形直观地展示特征变量的分布情况。 安装必要的软件包 在开始之前,确保安装了caret和ggplot2这两个软件包。你可以通过运行以下代码进行安装: ...
featureplot函数通常是在单细胞RNA测序数据分析中特征选择和降维之后,用来展示不同细胞群体中特定基因的表达情况。它的基本用法如下所示: ``` featureplot(object, features, slot = "data", cols = NULL, pt.size = 0.5, min.exp = 0, max.exp = "log", reduction.use = NULL, expression.use = "origin...