p1<-FeaturePlot(object=sce2,features="CD3D")p2<-FeaturePlot(sce2,"CD3D",cols=c("#F0F921FF","#7301A8FF"))p3<-FeaturePlot(sce2,"CD3D",cols=brewer.pal(10,name="RdBu"))p4<-FeaturePlot(object=sce2,features="CD3D")+scale_colour_gradientn(colours=rev(brewer.pal(n=10,name="RdBu"))...
本文首发于 生信补给站 : scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这 单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot,VlnPlot 和DoHeatmap几种,Seurat中均可以很简单的实现,但是文献中的图大多会精美很多。 之前跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图,坐标位置 ,颜色 ,大小还不是你说了算 介绍过...
$condainstall conda-forge::imagemagick 2.使用 #test data library(scRNAtoolVis) # load test data test<- system.file("extdata","seuratTest.RDS", package ="scRNAtoolVis") tmp <- readRDS(test) 具体见最开始参考教程。自己使用的一个示例: library(scRNAtoolVis) png(paste0("featureplot-main_marker...
FeaturePlot(sce.all.int, features = g2, cols = c("lightblue","white","darkred"))&NoAxes() 小tips:使用&符号替代+号,对全部的featurePlot结果进行调整 在Featureplot美化推文中使用循环依次调整每个基因可视化的结果,因为如果直接使用+号的话,只会只会只改最后一个图,使用&符号的时候是会全部都改掉 参考...
本文介绍FeaturePlot的美化方式,包含以下几个方面 : (1)调整点的颜色 ,大小 (2)展示基因共表达情况(点图,密度图) (3)优化Seurat分组展示 (4)ggplot2修改theme ,lengend等 (5)批量绘制 一载入R包,数据 仍然使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复anno即可获取 ...
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