我们在生物数据统计分析中,经常会听到p-value,adjusted p-value,q-value以及False discovery rate(FDR)。比如最常见实验组和对照组的差异基因表达分析,除了获得一个p值(p-value),通常而言还会得到一个adjusted p-value或者FDR(false discovery rate)。那么他们之间到底有什么关系,为什么已经有了一个p-value来指征显...
总之，理解并正确使用这些指标，如p-value、adjusted p-value（q-value）和FDR，对于防止因多重检验导致的误导性结果至关重要。在进行大规模数据分析时，需要综合考虑这些指标，以确保科研结论的准确性和可靠性。
FDR,Q value,adjust p value p-value:衡量一次检验假阳性率的指标(False positive rate) ; q value:衡量错误发现率的指标(False discovery rate,简称FDR,所有检验中假阳性的概率)。即使用Q value的这个参 数预估FDR。Q value 需要利用公式从p value 校正计算后得到,所以Q value 通常又被称为adjusted p value。
FDR,Q value,adjust p value p-value:衡量一次检验假阳性率的指标(False positive rate) ; q value:衡量错误发现率的指标(False discovery rate,简称FDR,所有检验中假阳性的概率)。即使用Q value的这个参 数预估FDR。Q value 需要利用公式从p value 校正计算后得到,所以Q value 通常又被称为adjusted p value。
q value:衡量错误发现率的指标(False discovery rate,简称FDR,所有检验中假阳性的概率)。即使用Q value的这个参 数预估FDR。Q value 需要利用公式从p value 校正计算后得到,所以Q value 通常又被称为adjusted p value。所以一般情况下:我们可以认为Q value = FDR = adjusted p value,即三者是一个东西,虽然有...
concept of an FDR adjusted p-value. The terminology used by the p.adjust() function and limma packages has lead people to refer to "BH adjusted p-values". The adjusted p-value definition that you give is essentially the same as
从p value 估算Q value,使用 R语言的 p.adjusted 命令就可以轻松完成。如果对于R语言不熟悉的老师,其实也可以使用excel软件完成。 今天,就给大家介绍使用excel 计算 Q value的方法。 首先,大家要了解一下 BH的计算公式: BH法的计算公式是: Q value = p *(m/k) ...
例如，通常说的P value（E value 是blast中一种特殊的p value）小于 1%，就是说我们做出了一个判断（胖子比瘦子重），但这个判断犯错的概率是1%（这里就是假阳性率，False positive rate）。虽然可能犯错，因为是这个属于小概率事件，我们就忍了吧，于是接受了这个判断。（类似，上街都可能遭遇车祸，因为是小概率...
简单说来,为了控制假阳性,无论是RNA-seq,还是CHIP-seq,还是GWAS的单次检验得到的P value都要经历多重检验校正后,变为adjusted p_value 或 FDR才可以用。而这样的处理会导致假阴性急剧上升。校正后,我们经常会面临的就是我们所关心的目标基因显著性信号不够强的问题。面对大量大于0.5%的FDR数据,我们该如何处理。
terminology "q-value" for a quantity estimates his definition of FDR. He implemented q-value estimation procedures in an R package called qvalue.So, strictly speaking, the q-value and the FDR adjusted p-value are similar but not quite the same. However the terms ...