我们在生物数据统计分析中,经常会听到p-value,adjusted p-value,q-value以及False discovery rate(FDR)。比如最常见实验组和对照组的差异基因表达分析,除了获得一个p值(p-value),通常而言还会得到一个adjusted p-value或者FDR(false discovery rate)。那么他们之间到底有什么关系,为什么已经有了一个p-value来指征显...
FDR,Q value,adjust p valuep-value:衡量一次检验假阳性率的指标(False positive rate) ;q value:衡量错误发现率的指标(False discovery rate,简称FDR,所有检验中假阳性的概率)。即使用Q value的这个参 数预估FDR。Q value 需要利用公式从p value 校正计算后得到,所以Q value 通常又被称为adjusted p value。所...
总之，理解并正确使用这些指标，如p-value、adjusted p-value（q-value）和FDR，对于防止因多重检验导致的误导性结果至关重要。在进行大规模数据分析时，需要综合考虑这些指标，以确保科研结论的准确性和可靠性。
数据结果展示如下图所示(两分组)众多参数中,重点看三个。p-value或q-value没有做生物学重复请跳过这一步。p-value或q-value是统计学检验变量,代表差异 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 FDR值是0-1之间,数值越小越是统计显著,也越是我们关注的。-Log 10 (adjustedP-value)转换后正好是反了多来,...
Q value 需要利用公式从p value 校正计算后得到,所以Q value 通常又被称为adjusted p value。所以一般情况下:我们可以认为Q value = FDR = adjusted p value,即三者是一个东西,虽然有些定义上的细微区别,但是问题也不大。 û收藏 转发 1 ñ1 评论 o p 同时转发到我的微博 按热度 按时间 ...
terminology "q-value" for a quantity estimates his definition of FDR. He implemented q-value estimation procedures in an R package called qvalue.So, strictly speaking, the q-value and the FDR adjusted p-value are similar but not quite the same. However the terms ...
http://home.52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27066&page=1#pid170857 http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/144113-mafdr-interpreting-q-values-vs-bhfdr-adjusted-p-values matlab自带函数mafdr,当ttest数较多时,可直接用[FDR, Q]=mafdr(P):但是Storey proc学习...
例如，通常说的P value（E value 是blast中一种特殊的p value）小于 1%，就是说我们做出了一个判断（胖子比瘦子重），但这个判断犯错的概率是1%（这里就是假阳性率，False positive rate）。虽然可能犯错，因为是这个属于小概率事件，我们就忍了吧，于是接受了这个判断。（类似，上街都可能遭遇车祸，因为是小概率...
FDR的计算是根据假设检验的P-value进行校正而得到的。一般来说,FDR的计算采用Benjamini-Hochberg方法(简称BH法),计算方法如下: 将所有P-value升序排列.P-value记为P,P-value的序号记为i,P-value的总数记为m FDR(i)=P(i)*m/i 根据i的取值从大到小,依次执行FDR(i)=min{FDR(i),FDR(i+1)} ...
数据分析中常碰见多重检验问题(multiple testing).Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值. 假设你挑选了R个差异表达的基因,其中有S个是真正有差异表达的,另外有V个其实是没有差异表达的,是假阳性的.实践中希望错误比例Q=V/R平均而言不能超过某个预先设定的值(比如0.05...