我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款“老牌子”的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用:...
FASTX-Toolkit 是用于 Short-Reads FASTA/FASTQ 文件预处理的命令行工具集合。 下一代测序仪通常会生成 FASTA 或 FASTQ 文件,其中包含多个短读序列(可能带有质量信息)。 此类FASTA/FASTQ 文件的主要处理是使用专门的程序将序列映射(也称为比对)到参考基因组或其他数据库。此类映射程序的示例有: Blat、 SHRiMP、 Las...
这一步是根据测序质量对低质量的read进行过滤,Rosalind推荐FASTX-Toolkit,这也是我最早使用的质控工具,但是在使用过程前,我们需要简单的判断下这个测序格式是Phred+33还是Phred+64。 grep 2 rosalind_filt_1_dataset.txt#有结果grep X rosalind_filt_1_dataset.txt# 无结果# 基本上断定这个是Phred33 但是编译好的v...
1. 如果不知道一个命令如何使用，可以采用-h 或者 --help 选项来查看帮助，比如：fastqc -h 从这帮...
在安装fastx toolkit 时make的时候报错 fasta_formatter.cpp: In function ‘void parse_command_line(int, char**)’: fasta_formatter.cpp:105:9: error: this statement may fall through [-Werror=implicit-fallthrough=] usage(); ~~~^~ fasta...