首先,我们应该做一下质控。如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头、去除量的reads。 (1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z] [-i INFILE] [-o OUT...
fastx_toolkit软件使用说明 高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款“老...
高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端,去除N较多的reads等,针对高通量测序数据的质控软件有很多,在此介绍质控工具:fastx_toolkit FASTX-Toolkit FASTX-Toolkit是用于...
$ mkdir fastx_toolkit&&cd fastx_toolkit# download and untar fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2$ ls bin fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2# tools 就都在bin里面,直接用 quality 一个miRNA数据(eg) 1)去除 reads 中的3’接头序列,去除由于接头自连等原因导致...
1. 如果不知道一个命令如何使用，可以采用-h 或者 --help 选项来查看帮助，比如：fastqc -h 从这...
单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并测得互补链,最后冲走互补链。 双末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,采用桥式扩增(即将模板链...
首先,我们应该做一下质控。如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头、去除量的reads。 (1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z] [-i INFILE] [-o OUT...