易于集成:作为命令行工具,FASTX-Toolkit 可以容易地集成到自动化的数据分析流程中,提高工作效率。 2官网 官网:http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit github: https://github.com/agordon/fastx_toolkit 仅仅是一些小工具集,官网未见有发表专门的文章 3如何安装 conda 安装 省事省力,推荐这个方式 代码语言:javasc...
下载地址:fastx_toolkit下载链接 wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2 tar xjvf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2 使用 注意事项 fastx_toolkit由一系列的命令组成,每个命令提供一个实用的小功能。在使用时需要注意以下几...
我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款“老牌子”的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用:...
fastx_toolkit fastx_toolkit由一系列的命令组成,每个命令提供一个实用的小功能。在使用时需要注意以下几点 不支持压缩格式的输入文件 不允许序列中存在N碱基,这样的序列会自动去除 可视化命令依赖gunplot软件和perl的GD模块 默认情况下认为fastq文件的碱基编码格式为phred64,对于phred33编码的fastq文件,需要添加参数-Q 33...
在NGS数据分析中,常常需要对fasta/fastq文件进行一些处理,fastx_toolkit是一款综合性的工具,提供了很多有用的功能,能够简单方便的处理序列文件。官网如下 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit 官网提供了二进制可执行文件,直接下载即可 代码语言:javascript ...
FASTX-Toolkit组件用法 FASTX-Toolkit组件用法 示例:FASTQ信息 示例:FASTQ/A操作 示例:fastx_barcode_splitter.pl操作 命令行参数 大多数子工具都可以使用-h参数查看具体用法。 大多数子工具默认从环境输入STDIN读取数据,STDOUT输出数据,或者使用-i参数指定的文件中读取数据,然后输出到-o参数指定的输出文件中。
[2]: *** [all-recursive] Error 1make[2]: Leaving directory `/home/user01/software/fastx_toolkit-0.0.14/src'make[1]: *** [all-recursive]Error1make[1]: Leavingdirectory`/home/user01/software/fastx_toolkit-0.0.14'make: *** [all] Error 2解决办法:make时设置了多线程,改为单线程安装...
这一步是根据测序质量对低质量的read进行过滤,Rosalind推荐FASTX-Toolkit,这也是我最早使用的质控工具,但是在使用过程前,我们需要简单的判断下这个测序格式是Phred+33还是Phred+64。 grep 2 rosalind_filt_1_dataset.txt#有结果grep X rosalind_filt_1_dataset.txt# 无结果# 基本上断定这个是Phred33 ...
FASTX-Toolkit === *** * * * FASTX TOOLKIT is unmaintained software. * * No new features have been added since 2010. * * * * There are many better alternatives for low-level FASTQ/FASTA * * manipulation. Use at your own risk. * * * *** Short Summary ===...
1. unpack fastx_toolkit-0.0.14-X-src.tar.xz 2. if you use setup to install this src package, it will be unpacked under /usr/src automatically % cd /usr/src % cygport ./fastx_toolkit-0.0.14-X.cygport all This will create: /usr/src/fastx_toolkit-0.0.14-X-src.tar.xz @@ -77...