我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款“老牌子”的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用:...
FASTX-Toolkit 是用于 Short-Reads FASTA/FASTQ 文件预处理的命令行工具集合。 下一代测序仪通常会生成 FASTA 或 FASTQ 文件,其中包含多个短读序列(可能带有质量信息)。 此类FASTA/FASTQ 文件的主要处理是使用专门的程序将序列映射(也称为比对)到参考基因组或其他数据库。此类映射程序的示例有: Blat、 SHRiMP、 Las...
~/opt/biosoft/fastx_toolkit-0.0.14/bin/fastq_quality_filter -q 24 -p 78 -i rosalind_filt.fq | grep -c '^@Ro' 过滤低质量碱基 如果使用Fastqc发现序列前后几个碱基质量不太好时,我们可以使用trimmomatic过滤掉按照一定的阈值对read前后进行过滤 问题: 给定一个phred33编码的FASTQ文件,和碱基质量阈值q,...
这一步是根据测序质量对低质量的read进行过滤,Rosalind推荐FASTX-Toolkit,这也是我最早使用的质控工具,但是在使用过程前,我们需要简单的判断下这个测序格式是Phred+33还是Phred+64。 grep 2 rosalind_filt_1_dataset.txt#有结果grep X rosalind_filt_1_dataset.txt# 无结果# 基本上断定这个是Phred33 但是编译好的v...
1. 如果不知道一个命令如何使用，可以采用-h 或者 --help 选项来查看帮助，比如：fastqc -h 从这...
Linux 使用记1 fastx toolkit安装问题 1 安装fastx toolkit的时候,步骤按https://blog.csdn.net/LotusWang0723/article/details/78723409 其中可能会出现如下报错 text_line_reader.cpp: In member function ‘bool TextLineReader::next_line()’: text_line_reader.cpp:47:9: error: cannot convert ‘std::i...