fastq-dump属于老款,按官方说法是目前仍然支持,但将来可能弃用。下面的fasterq-dump是新款。 2、 fasterq-dump 也是sra-tools提供: 参考文章:fasterq-dump使用介绍 使用差不多,参数上多了-e,后面加上想使用的线程数。 示例: fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显...
② fasterq-dump + pigz 用时:11m12s(注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical,仅加--split-files得不到三个文件 ) time ( fasterq-dump -e 12 -O ./ --split-files --include-technical SRR7722937.sra ; pigz -p 12 *fastq) ③ parallel-fastq-dump(--gzip) 用时:...
conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于是直接依赖于fastq-dump命令,因此fastq-dump的参数也可使用,如--split-files、--gzip、--split-3等): 二、各命令处理SRA文件用时比较 1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间 ① fastq-dump (非--gzip模式) 用时:...
[b20223040323@admin1 test02]$ time fastq-dump --split-3SRR3156163.sra## 使用fastq-dump,并记录时间Read51332776spotsforSRR3156163.sra Written51332776spotsforSRR3156163.sra real4m52.519suser 4m35.183s sys 0m19.418s [b20223040323@admin1 test02]$ time fasterq-dump --split-3SRR3156164.sra## 使用f...
原创 mob64ca12d1a59e 4月前 38阅读 java jvm dump 配置 # 如何配置 Java JVM Dump 在Java 开发和调试过程中,有时我们需要分析 JVM 的状态,这通常通过生成 JVM dump 文件实现。本文将介绍如何配置 Java JVM dump,保证您能顺利完成这一过程。 ## 流程概述 要配置 Java JVM dump,通常可以遵循以下流程: |...
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq ...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
当然除了参数问题,还有一个让人诟病的地方就是他只能单个线程,所以速度特别的慢。尽管相对于下游分析要分析好几天而言,这点时间还能能等的。但是能快一点总是好的,所以在2018年的6月份,sra-tools更新了一个新的sra解压工具,fasterq-dump, a faster fastq-dump,它能利用临时文件和多线程加速从SRA文件提取FASTQ。
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq ...
如果你不想了解一些细节性内容,用下面的参数就行了 fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual'+'--defline-seq'@$ac-$si/$ri'SRR_ID# 建议加别名aliasfd='fastq-dump --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@\$ac-\$si/\$ri' ' ...