解决:问题很简单,就是sra文件没有下载完整,重新下载;遇到这种问题,也是佩服自己运气了。 在文件下载一半的时候,就使用fastq-dump转换格式,报同样的错误。
fastq-dump报错 有时在使用fastq-dump转换sra文件时,可能遇到下面的错误 fastq-dump--split-3file.sraAnerror occurred during processing.Areport was generatedintothe file'/root/ncbi_error_report.xml'.Ifthe problem persists,you may consider sending the file to'sra@ncbi.nlm.nih.gov'forassistance. 这是...
报错信息: fastq-dump.2.3.2err:name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'xxxx.sra' 解决方法: 找不到xxx.sra,就给它全路径就可以了 the problem happens when you use a local path for the SRA file.Try using the absolute path! fastq-dump /data/...
2013-07-31T16:46:21 fastq-dump.2.3.2 err: name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'SRR069755.sra' 以上是报错的提示。在SEQ answers里面找到了解决的方法: 将需要解压的sra文件的全路径加上 就可以了...
fastq-dump 报错 解决方案 2013-10-03 11:07 −... emanlee 0 9390 如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式) 2013-04-15 16:16 −sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
yangyzh 命令行: ~/tools/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2-5-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-spot --gzip rhesus_b_heart.sra 报错信息: 2013-09-11T05:02:11 fastq-dump.2.3.2 err: name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'rhesus_b_heart....