1、 fastq-dump 来源于NCBI出品的sra-tools的命令: GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Toolsgithub.com/ncbi/sra-tools 1.1 安装 尝试用conda安装: conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo ap...
1.软件安装 安装pigz conda install pigz 安装FastqCount #从github下载FastqCount wget https://github.com/zhimenggan/FastqCount/archive/refs/heads/master.zip chmod 755 FastqCount_v0.5 #添加环境变量 vim .bashrc export PATH=$PATH:/home1/huangchenjue/tools/fastqcount/ source .bashrc 2.使用 对于单端...
1、NCBI官网查看工具地址,并下载安装包 具体操作步骤如下: 打开NCBI官网 点击Download Tools并进入 找到SRA Toolskit 会转跳到github,复制下载连接,后续使用Linuxwget命令下载 打开Linux 总端,使用wget 命令下载 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz...
fastx-mutate-tools 在这个 jar 中,我包含了一些简单的工具,允许在 fasta/fastq 文件中引入 SNPs/indels/亚硫酸氢盐转换。 请注意,突变是根据指定的概率均匀插入的,因此这些工具不会模拟真实的突变。 但是,您可能会发现它们可用于测试 DNA/亚硫酸氢盐对准器的性能。 这些工具被设计为与诸如 wgsim 或 SimSeq 之类...
(1)利用conda(使用教程:生信软件管家——conda的安装、使用、卸载)安装起来会非常快: mamba install-c bioconda fastp (2)当然你也可以自己下载二进制的可执行文件: wget http://opengene.org/fastp/fastp chmod a+x./fastp (3)如果以上两种方式你都失败了,可以尝试用源码编译(这种是最容易失败的) ...
六GATK 和 Picard Tools 的安装 GATK 是 java 写的软件,下载这个软件需要先注册用户,同意一些协议,网址为 https://software.broadinstitute.org/gatk/。下载后,上传到 $HOME/software 目录,运行: tar -jxvf GenomeAnalysisTK-3.7-0.tar.bz2 rm GenomeAnalysisTK-3.7-0.tar.bz2 ...
通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要...
(1)利用conda(使用教程:生信软件管家——conda的安装、使用、卸载)安装起来会非常快: mamba install -c bioconda fastp (2)当然你也可以自己下载二进制的可执行文件: wget http://opengene.org/fastp/fastpchmod a+x ./fastp (3)如果以上两种方式你都失败了,可以尝试用源码编译(这种是最容易失败的) ...
TriageTools是用于对来自高通量测序项目的原始数据(fastq读取)进行分区的工具的集合。 这些工具旨在用于基本数据管理以及对某些子集的分析进行优先级排序。 项目Wiki包含使用情况信息。点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:1 积分 电信网络下载 FD1-游戏程序安装包 2024-12-11 17:05:51 积分:1 ...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...