本方案适用于类Unix系统如Linux、macOS等,实现在 `fastq` 文件中根据已知序列查找相应 `reads` 并输出其 `ID` 。 假设`your_fastq_file.fastq` 是你的 `fastq` 文件名称,已知序列为 `ACTG`(这里只是示例,替换为你实际的序列),以下命令可以尝试查找包含该序列的 `reads` 并输出对应的 `ID`(以 `@` 开头...
根据fastq序列的id,从原始fastq中提取序列这个操作,应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果大家用过Biopython,应该知道Bio模块在做fastq这些文件的处理时非常方便。但是有时序列达到几百万几千万条的时候,Bio的速度可能就无法满足要求了。 还是举个例子比较好,我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序...
问从FASTQ文件中提取ID和序列EN根据fastq序列的id，从原始fastq中提取序列这个操作，应该是大家在处理序列...
die "Usage: perl $0 <id> <fq1> [<fq2>] <OUT1> [<OUT2>]\n"; } sub filter_fastq { my ($id_file, $fq1_file, $out1_file, $fq2_file, $out2_file) = @_; my %keep; open my $ID, $id_file or die "Cannot open ID file: $id_file\n"; while (<$ID>) { chomp; n...
temp= SeqIO.parse("a.fastq","fastq")foriintemp: print(i.id) [root@PC1 test02]#python3 test.py ## 执行程序,输出idSRR8442980.988/2SRR8442980.1134/1 002、输出name [root@PC1 test02]# ls a.fastq test.py [root@PC1 test02]#cat a.fastq ## 测试fastq@SRR8442980.988/2AAGG+:FFF ...
在处理fastq文件时,可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题,这时候软件会报告哪条序列有问题,并给出序列ID,然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是,fastq文件通常是很大的,使用less命令可能很难搜索到 在处理fastq文件时,可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题,这时候软件会报告哪条...
第一行 序列ID 必须以@开头,紧跟唯一的序列的ID标识符,后面可跟其他描述性内容,但序列ID与描述部分空格分开。 @A00456:1307:HKWJKDSX7:4:1101:1090:1000 1:N:0:CGTGTAGG+TCTGAAAC 官网给的格式解释如下: @<instrument>:<run number>:<flowcell ID>:<lane>:<tile>:<x-pos>:<y-pos>:<UMI> <read...
Illumina流程1.4版本以后,使用#NNNNNN代替#0作为多重ID,NNNNNN是多重标签的序列。 @EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:197393 1:Y:18:ATCACG 请注意,最新版本的Illumina软件会输出样本编号(从样本表中读取替代)代替索引序列。例如,以下情况可能出现在批次的第一个样本中: ...
FASTQ文件解读：文件结构以四行为一组，具体信息如下：第一行显示序列ID，以 "@" 开始，后跟唯一ID与描述信息；第二行展示实际测序得到的序列；第三行以 "+" 开头，作为占位符；第四行对应序列质量，与第二行碱基序列一一对应，ASCII值表示质量，即Phred值。质量体系解释：测序错误概率转换为质量值，...
ID2, IL32, XCL1, RHOC ## PC_ 3 ## Positive: HLA-DQA1, CD79A, CD79B, HLA-DQB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1, CD74, MS4A1, HLA-DRB1, HLA-DRA ## HLA-DRB5, HLA-DQA2, TCL1A, LINC00926, HLA-DMB, HLA-DMA, CD37, HVCN1, FCRLA, IRF8 ## PLAC8, BLNK, MALAT1, SMIM14, PLD4,...