可能程序不兼容， 可以更换个版本试试。另外建议参考下程序对配置的要求。或者右键需要运行的程序 选择兼容性 用兼容模式运行试试。
Windows自带的画图软件就可以打开TIF格式的文件。你先用画图打开这个文件，然后在菜单“文件”里用“另存为”命令，把保存类型选择为需要的格式即可。画图在开始菜单--所有程序--附件里。
fastq-dump.exe的路径\fastq-dump.exe—split-3(已更新为--split-e) sra文件的路径\ sra文件 例:D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\fastq-dump.exe—split-3 C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra (2)转换完成,fastq格式数据存在于原数据相同目录下 “—split-3”中“-3”表示...
但是我不知道怎么用,而且还是需要用fastq-dump命令。 后来我想是否要下载最新版的SRA toolkit,原先的版本是sratoolkit.2.9.2-ubuntu64。 于是我下载了最新的SRA toolkit版本(sratoolkit.3.0.0-ubuntu64),下载的方法如下: 官网:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit ##wget的-P参...
自己补充概括三点:1. 下载Accession List ; 2.下载RunInfo Table,里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息; 3. 将SRA数据变成 fastq数据,fastq-dump 命令,注意是单端还是双端测序。 fastq-dump -I --split-files SRR390728 Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" ...
fastq-dump.exe的路径\fastq-dump.exe—split-3(已更新为--split-e)sra文件的路径\sra文件 例:D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\fastq-dump.exe—split-3 C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra (2)转换完成,fastq格式数据存在于原数据相同目录下 ...
自己补充概括三点:1. 下载Accession List ; 2.下载RunInfo Table,里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息; 3. 将SRA数据变成 fastq数据,fastq-dump 命令,注意是单端还是双端测序。 fastq-dump -I --split-files SRR390728 Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" ...
./fastq-dump YES: The Toolkit components are the in the current working directory fastq-dump NO: If the toolkit location is not specified in your $PATH variable, then the OS cannot locate the fastq-dump program, even if it is in the current directory. NOTE: Windows users should be able...
先看一下常规的fastq-dump SRA转fastq,由于fastq-dump是单线程的,转的过程非常非常慢,我从下午五点到晚上九点4个小时了,还在运行当中: ## 新建文件夹 mkdir 2.fastq_raw && cd 2.fastq_raw ## 做一个软连接文件 ln -s ../1.sra/SRR* ../2.raw_fastq/ ...
一. CellRanger及参考基因组下载 这里跳过了conda安装各类软件的操作，简单介绍一下cellranger及参考基因组的下载和配 置：注：服务器下载慢的话可以在windows环境下载，然后上传压缩文件至服务器 ## 1.cellranger软件6.2.1wget -O cellranger- 6.1.2.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/...