调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ accessions(s)... ] 示例: fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR12...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
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time(fastq-dump-O./--split-3--gzipSRR3414630.sra) ② fasterq-dump fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再下载。 fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 (非--gzip模式) 用时:1m21s time(fasterq-dump--split-3-e12-O./SRR3414630.sra)...
fastq-dump --split-3 XXXX.sra 双端测序--split-files:将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 fastq-dump --split-files XXXX.sra 双端测序--split-spot:将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 fastq-dump --split-spot XXXX.sra ...
通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 #将之前的SRR3589956~SRR3589962转换为fastq格式 #批量生成脚本,并让每条命令后台执行,速度更快 for i in `seq 56 62`;do echo fastq-dump --gzip --split-3 /home/u3893/rna_seq_AKAP95/sra/SRR35899$i -O /home/u3893/rna_seq_AKAP95/data/rna_seq \&;...
fasterq_dump README Dependencies biogl This script needs my ownbioglmodule to function properly. If you use (or can get)pip, you can simply do python3 -m pip install biogl to add the package to a location reachable by your Python installation. ...
prefetch,调用prefetch从NCBI SRA数据库中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 aws-http,调用aria2c从AWS Open Data Program中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 也就是说,如果是用的ENA源 直接下载的就是fastq,如果用的SRA或其他,那就是下载SRA数据 然后kingfisher再自动调用faste...
nohup prefetch-O .$(<srr_acc_list.txt)&<=""span="">fastq-dump--gzip--split-files*.sra&gunzip*.fastq.gz 软件下载 仍然使用我们的老朋友miniconda下载,真的很方便,miniconda的安装方法小果也分享过哦~ ...
ena-ascp,调用Aspera从ENA中下载.fastq.gz数据 ena-ftp,调用curl从ENA中下载.fastq.gz数据 prefetch,调用prefetch从NCBI SRA数据库中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 aws-http,调用aria2c从AWS Open Data Program中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换也就是说,如果是用的ENA...