调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ accessions(s)... ] 示例: fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR12...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install-c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install-c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (由于...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump参数如下 (...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
即使您已经拥有更快的资源(网络,IO,CPU),即使您已经下载了sra文件,NCBI fastq-dump有时也会非常慢。 该工具通过将工作划分为多个线程来加快过程。 这是可能的,因为fastq-dump具有选项( -N和-X )来查询fastq-dump文件的特定范围,此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数,并行运行多个fastq-dump并连接结果返回...
conda install parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' If that doesn't work you could also install it on a separate new env: conda create -n testenv parallel-fastq-dump 'sra-tools>=3.0.0' Examples $ parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files ...
parallel-fastq-dump マルチコアでfastq-dumpを実行できるラッパーです。 本家はpythonですがinutanoさんがbashで実装しています。 pfastq-dumpの実行にはsra-toolsのfastq-dumpとsra-statのパスを通しておく必要があります。 git clone http://github.com/inutano/pfastq-dump ...
$ git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump $ cd pfastq-dump $ chmod a+x bin/pfastq-dump then copy/move to wherever you like. Prerequisites Installsra-toolsand make sure two binaries below are in$PATH. fastq-dump sra-stat ...
Odkazy pre parallel-fastq-dump Zdroje Ubuntu: Hlásenia chýb Záznam zmien Ubuntu Autori a licencia Stiahnuť zdrojový balík parallel-fastq-dump: [parallel-fastq-dump_0.6.7-3.dsc] [parallel-fastq-dump_0.6.7.orig.tar.gz] [parallel-fastq-dump_0.6.7-3.debian.tar.xz] Správca:...