3. 双端数据拆分 # 输出.gz fastq压缩文件/pfastq-dump/bin/pfastq-dump\--threads8--outdir ./...
fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再下载。 fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 * (非--gzip模式) 用时:1m21s time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra) * fasterq-dump + pigz : 用时:2m14s time (fasterq-...
使用pfastq_dump,因为pfastq_dump是基于fastq_dump写的一个bash程序,所以参数是相同的: 对于单端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 10 ./$id --gzip; done 对于双端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 8 ./$id --spl...
time(fastq-dump-O./--split-files--gzipSRR7722937.sra) ② fasterq-dump + pigz 用时:11m12s (注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical,仅加--split-files得不到三个文件 ) time(fasterq-dump-e12-O./--split-files--include-technicalSRR7722937.sra;pigz-p12*fastq) ...
fastq-dump用法 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: 1.--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 2.--split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式) sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。
fastq-dump --split-files SRR1234567.sra 这会生成SRR1234567_1.fastq文件(如果是单端测序的话)。--split-files参数是可选的,但在此场景下不会产生影响,因为单端测序只会有一个文件。 双端测序数据: bash fastq-dump --split-files SRR1234567.sra 这会生成两个文件:SRR1234567_1.fastq和SRR1234567_2....
自己补充概括三点:1. 下载Accession List ; 2.下载RunInfo Table,里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息; 3. 将SRA数据变成 fastq数据,fastq-dump 命令,注意是单端还是双端测序。 fastq-dump -I --split-files SRR390728 Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" ...
数据格式 不懂也加: reads拆分 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: --split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 ...