本文重点讲解部分fastp程序参数设置及其使用方法。 一、输入和输出(Input & Output) fastp程序支持读取初始单端/双端测序文件和输出预处理后的单端/双端测序文件,对于gzip压缩格式的输入序列文件,则处理输出文件也是gzip压缩格式的。对于单端测序数据,仅需使用-i/--in1选项和-o/--out1选项分别指定输入文件和
对于FASTQ格式序列文件的并行对齐处理,fastp程序支持将输出拆分为多个文件,包括限制拆分文件总数和限制每个拆分文件的行数2种拆分模式,且不可同时启用。序号前缀添加到--out1或--out2选项指定拆分文件名称前,使用-d或--split_prefix_digits选项指定前缀宽度。例如,设置参数--split_prefix_digits = 3 --out1 = clea...