fastp程序默认执行长度过滤,使用-L或--disable_length_filtering禁用。使用-l或--length_required选项设定允许的最小长度,使用--length_limit选项设定允许的最大长度(小RNA测序),默认值0,即无限制。 (3) 低复杂度过滤 fastp程序默认不执行低复杂度过滤,使用-y或--low_complexity_filter选项启用。复杂度是指一条序...
--length_required:设置保留的最短序列长度。 --thread:设置使用的线程数。 输出结果 fastp 会生成几个输出文件: 过滤后的 FASTQ 文件。 HTML 和 JSON 格式的质量报告,包含关于测序质量的直观数据。 其他参数示例 下载后可以使用 `fastp -h` 查看所有可用参数及其说明,选择合适的参数根据需求进行设置。 小结 fastp...
-l, --length_required reads shorter than length_required will be discarded, default is 15. (int [=15]) --length_limit reads longer than length_limit will be discarded, default 0 means no limitation. (int [=0])# low complexity filtering-y, --low_complexity_filterenablelow complexity filt...
3. 根据序列长度进行过滤 默认情况下,该软件会根据长度对序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的reads也会被过滤掉,如果不希望进行长度过滤,可以添加-L或者--disable_length_filtering参数。 4. 去除低质量的碱基 fastp支持类似trimmomatic...
-l/--length_required:过滤掉长度小于指定值的读段。有助于去除过短的、可能是噪声的序列。 -q/--qualified_quality_phred:设置Phred质量分数的阈值。低于此阈值的碱基将被视为低质量并被切除或用于其他质量控制决策。 -n/--poly_g_filter:启用对连续G(或其他指定的核苷酸)的过滤。连续的相同核苷酸可能表示测序...
默认启用长度过滤,但可以通过 -L 或--disable_length_filtering 禁用。最小长度要求通过 -l 或--length_required 指定。你可以通过 --length_limit 指定最大长度限制,以丢弃超过该长度的序列。默认值为 0,表示无限制。 4. 全局修剪 fastplong 支持全局修剪,即在所有序列的前端或末端修剪碱基。例如,最后一个循环...
默认情况下,该软件会根据长度对序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的reads也会被过滤掉,如果不希望进行长度过滤,可以添加-L或者--disable_length_filtering参数...
默认进行长度过滤,可以通过参数-L或--disable_length_filtering禁用。最小长度要求可以用-l或--length_required指定 # 低复杂过滤 默认不进行低复杂过滤,可以通过参数-y或--low_complexity_filter进行低复杂序列过滤(ase[i] != base[i+1])。 低复杂序列阈值可以使用参数-Y或者--complexity_threshold进行指定,阈值...
3. -n, --length_required 该参数用于设定序列的最小长度。如果某个序列的长度小于设定的阈值,那么该序列将被过滤掉。这样可以排除掉过短的序列,提高数据的准确性。 4. -t, --trim_poly_x 该参数用于去除序列两端的多聚体。在NGS数据中,由于测序过程的特殊性,序列两端可能存在大量的多聚体,如多聚A或多聚...
fastp -i R1.fq.gz -I R2.fq.gz -o R1.clean.fastq -O R2.clean.fastq --json fastp.json --html fastp.html --qualified_quality_phred 15 --unqualified_percent_limit 40 --length_required 25 --detect_adapter_for_pe --cut_tail --cut_window_size 5 ...