3. -l (长度) 参数:150 碱基长度的阈值是否合适需要根据你的测序数据类型来确定。如果你的数据是短读数据,可能会导致过多序列被过滤。建议根据实际的读长来设定合理的阈值。 • 如果你使用 250 bp 或更长的读长,可以保留这个设置;如果是较短读长(如 100 bp),则需要降低阈值。
使用-5参数开启在5’端,也就是read的开头的剪裁,使用-3参数开启在3’端,也就是read的末尾的剪裁。使用-W参数指定滑动窗大小,默认是4,使用-M参数指定要求的平均质量值,默认是20,也就是Q20。 4、过滤过短序列 默认开启多序列过滤,默认值为15,使用-L(--disable_length_filtering)禁止此默认选项。或使用-l(-...
以下是常用的参数及其说明: - q:指定最低质量分数。Fastp将过滤掉低于该阈值的碱基。 - l:指定最小读取长度。Fastp将过滤掉长度小于该阈值的读取。 - r:指定包含适配序列的文件。Fastp将自动去除含有适配序列的读取。 - x:指定Adapter序列的最大错误率。Fastp将根据该阈值去除适配序列。 - w:指定线程数。Fastp...
fastp -i R1.raw.fastq.gz -I R2.raw.fastq.gz -o R1.clean.fastq.gz -O R2.clean.fastq.gz -h qc.html -j qc.json -M 20 -l 36 -n 0 -q 20 -3 20 -5 20 5.多线程 可以用-w参数指定线程数,默认为3。线程数适当设置可以充分利用CPU提速。
默认情况下,该软件会根据长度对序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的reads也会被过滤掉,如果不希望进行长度过滤,可以添加-L或者--disable_length_filtering参数。 4. 去除低质量的碱基 ...
fastp 还默认启用了 read 长度过滤,但也可以使用-L 参数关闭。使用-l 参数指定最低要求一个 read 有多长,比如-l 30 表示低于 30 个碱基的 read 会被扔掉。这个功能可以用于实现常用的 discard 模式,以保证所有输出的序列都一样长。 在fastp 的 HTML 报告中,最头上的 Summary 表格很清楚地显示了过滤的统计信...
fastp 还默认启用了 read 长度过滤,但也可以使用-L 参数关闭。使用-l 参数指定最低要求一个 read 有多长,比如-l 30 表示低于 30 个碱基的 read 会被扔掉。这个功能可以用于实现常用的 discard 模式,以保证所有输出的序列都一样长。 在fastp 的 HTML 报告中,最头上的 Summary 表格很清楚地显示了过滤的统计信...
-L 关闭reads长度过滤选项；-l 接⼀个长度值，⼩于这个长度reads被丢掉，默认是15，这个在处理⾮illumina测序数据时很有⽤。## 低复杂度过滤 -y, --low_complexity_filter 使⽤低复杂度过滤，这⾥低复杂度的定义是与其下⼀个碱基不同的碱基⽐例(base[i] != base[i+1]).-Y, --complexit...
-l, --length_required reads shorter than length_required will be discarded, default is 15. (int [=15]) --length_limit reads longer than length_limit will be discarded, default 0 means no limitation. (int [=0])# low complexity filtering-y, --low_complexity_filterenablelow complexity filt...