fastp支持多线程,可以通过-w参数指定并行的线程数。默认情况下,fastp使用单线程进行质控。 设置多线程可以提高质控的速度,但需要注意以下几点: 1.线程数越多,质控速度越快,但也越容易导致内存不足。 2.线程数应根据CPU的核心数和内存大小进行调整。 3.对于小文件,多线程可能没有明显的速度提升。 以下是fastp使用...
可以用-w参数指定线程数,默认为3。线程数适当设置可以充分利用CPU提速。 fastp -i R1.raw.fastq.gz -I R2.raw.fastq.gz -o R1.clean.fastq.gz -O R2.clean.fastq.gz -h qc.html -j qc.json -M 20 -l 36 -n 0 -q 20 -3 20 -5 20 -w 8 ...
fastp支持像Trimmomatic那样对滑动窗口中的碱基计算平均质量值,然后将不符合的滑窗直接剪裁掉。使用-5参数开启在5’端,也就是read的开头的剪裁,使用-3参数开启在3’端,也就是read的末尾的剪裁。使用-W参数指定滑动窗大小,默认是4,使用-M参数指定要求的平均质量值,默认是20,也就是Q20。 4、过滤过短序列 默认开...
-W, --cut_window_size 设置滑动窗口大小; -M, --cut_mean_quality 设置滑动窗口的平均质量值阈值,低于这个阈值则被切除; 可对两端分别进行切除: 对5'端的参数,与Trimmomatic中的LEADING参数方法相似: -5, --cut_front 是去除5'端低质量碱基,具体是指滑动窗从5'向末尾3’滑动,如果窗口内的碱基平均质量值...
fastp支持类似trimmomatic滑动窗口的方式,对序列中的低质量碱基进行过滤,但是它的算法运行速度更快。-W参数定义滑动窗口的长度,默认值为4,-M参数定义碱基平均质量的阈值,默认值为20。如果一个窗口内碱基平均质量低于20,该窗口及其之后的碱基都会被过滤掉。
多线程优化，加速处理 fastp支持多线程处理，用户可以通过-w参数自定义线程数，合理配置可以充分调动CPU资源，进一步提升处理速度。例如，将线程数设置为8，可以让数据预处理过程更高效，节省时间。总结来说，fastp以其卓越的性能、易用的界面和详尽的功能，为数据预处理带来了革命性的提升。无论是初学者...
fastp的github fastp的出版地址 本地路径 /home/chaim/disk/soft/fastp/fastp 添加环境变量 之后即可全局调用fastp。单端测序single end(SE)双端测序paired end(PE)参数设定：-w 8 设置进程数8，默认2,max=16,或者是--thread 8 -z 5 设置gzip压缩级别，默认4,1~9 1快-9小 --json 设置输出...
fastp 支持像 Trimmomatic 那样对滑动窗口中的碱基计算平均质量值,然后将不符合的滑窗直接剪裁掉。使用-5 参数开启在 5’端,也就是 read 的开头的剪裁,使用-3 参数开启在 3’端,也就是 read 末尾的剪裁。使用-W 参数指定滑动窗大小,默认是 4,使用-M 参数指定要求的平均质量值,默认是 20,也就是 Q20。
以下是常用的参数及其说明: - q:指定最低质量分数。Fastp将过滤掉低于该阈值的碱基。 - l:指定最小读取长度。Fastp将过滤掉长度小于该阈值的读取。 - r:指定包含适配序列的文件。Fastp将自动去除含有适配序列的读取。 - x:指定Adapter序列的最大错误率。Fastp将根据该阈值去除适配序列。 - w:指定线程数。Fastp...