3. -n, --length_required 该参数用于设定序列的最小长度。如果某个序列的长度小于设定的阈值,那么该序列将被过滤掉。这样可以排除掉过短的序列,提高数据的准确性。 4. -t, --trim_poly_x 该参数用于去除序列两端的多聚体。在NGS数据中,由于测序过程的特殊性,序列两端可能存在大量的多聚体,如多聚A或多聚...
按read 中碱基的平均质量,如低于 30,则过滤掉 2.N 碱基过滤 测序过程中某个碱基无法识别时,体现在 read 中可能是一个大写 N 字母,当这样的 N 碱基过多时,则过滤掉该 read。 3.低复杂度过滤 复杂度的定义是 read 中与下一个碱基不同的碱基的百分比(base[i] != base[i+1])。 代码语言:javascript 代...
fastp，一款专为高通量测序数据质量控制和数据预处理的高效工具，能够对Illumina平台的测序数据进行质量控制、过滤低质量序列、截断3'端低质量序列和去除接头序列等操作。同时，它还能统计序列质量分布、GC含量分布、错误率分布、N含量等重要信息。fastp采用多线程加速技术，确保处理速度和准确性，并支持多种数...
-过滤N碱基:使用`max_n 5`参数可以过滤掉含有超过5个N碱基的序列。 -过滤低测序质量序列:使用`max_length 30 avg_qual 20`参数可以过滤掉长度低于30且平均质量低于20的序列。 -去除重复序列:使用`uniq_max_dup 10`参数可以去除重复序列,其中`10`表示序列重复的最大次数。 我们可以将上述过滤和去除重复序列的...
-n,--n_base_limit如果一个序列的 N 碱基数量>n_base_limit,则丢弃该序列。默认值为5。(整数[=5]) -m,--mean_qual如果一个序列的平均质量值<mean_qual,则丢弃该序列。默认值0表示无要求。(整数[=0]) -L,--disable_length_filtering默认启用长度过滤。如果指定此选项,则禁用长度过滤。
-n 5\ -y \ --thead 10 参数解释: -i $fq1,输入样本的 FASTQ1 文件,可以是 gz 压缩格式; -I $fq2,输入样本的 FASTQ2 文件,可以是 gz 压缩格式; -h ${outdir}/${sample}_merge_clean.html,输出 html 格式的质控报告; -j ${outdir}/${sample}_merge_clean.json,输出 json 格式的质控报告;...
The trailing N bases are also trimmed. Use cut_tail_window_size to set the widnow size, and cut_tail_mean_quality to set the mean quality threshold. If the window size is 1, this is similar as the Trimmomatic TRAILING method. -r, --cut_right move a sliding window from front to ...
filter out bad reads (too low quality, too short, or too many N...) cut low quality bases for per read in its 5' and 3' by evaluating the mean quality from a sliding window (like Trimmomatic but faster). trim all reads in front and tail ...
fastp以高效的C++编写，执行速度极快。安装和使用方面，fastp提供了多种选项。可以通过源代码安装和编译预编译版本。输入和输出文件通过-i和-o指定，注意输出文件可能需要加上.gz扩展名。质量体系选择、压缩格式、adapter处理、reads截取、质量过滤（包括Q值、百分比和N碱基过滤）以及reads长度控制等功能一应...
fastp -i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 30 -n 默认情况下，HTML格式报告保存在fastp.html，可以通过-h参数指定；JSON格式报告保存在fastp.json，可以通过-j参数指定 4. 主要选项 ## I/O 相关 -i, --in1 输⼊read1⽂件名 ...