根据您提供的错误信息,很可能您想要加载的是名为 SeuratData 的包,而不是 seuratdata。 指出正确的R包名称: 正确的R包名称应为 SeuratData。这个包通常用于访问单细胞RNA测序数据集的注释和预处理版本。 提供安装正确R包的代码示例: 如果您尚未安装 SeuratData 包,可以使用以下代码来安装:R if (!requireNamespace...
最近小编用Seurat包做单细胞数据分析,画图的时候遇到了一个很奇怪的错误。相同的代码以前是没有任何问题的。具体报错信息如下 Error in Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc) : '==' only defined for equally-sized data frames 小编搜索了一下,发现很多小伙伴也遇到了同样的报错。 原因其实也很简单,应该前不...
Error in library(presto) : 不存在叫‘presto’这个名字的程辑包 Seurat_Satija关注IP属地: 辽宁 0.392021.03.26 13:30:21字数0阅读3,866 > library(devtools) > install_github('immunogenomics/presto') Downloading GitHub repo immunogenomics/presto@HEAD These packages have more recent versions available. ...
最近小编用Seurat包做单细胞数据分析,画图的时候遇到了一个很奇怪的错误。相同的代码以前是没有任何问题的。具体报错信息如下 Error in Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc) :'==' only defined for equally-sized data frames 小编搜索了一下,发现很多小伙伴也遇到了同样的报错。原因其实也很简单,应该前不久...
最近小编用Seurat包做单细胞数据分析,画图的时候遇到了一个很奇怪的错误。相同的代码以前是没有任何问题的。 具体报错信息如下 ErrorinOps.data.frame(guide_loc, panel_loc) :'=='only definedforequally-sizeddataframes 小编搜索了一下,发现很多小伙伴也遇到了同样的报错。
library(SeuratData) library(patchwork) library(ggplot2) library(CellChat) library(ggalluvial) library(svglite) options(stringsAsFactors = FALSE) rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) cellchat.NL <- readRDS(url("https://ndownloader.figshare.com/files/25954199")) ...
library(Seurat) options(Seurat.object.assay.version = "v5") Baron <- Seurat::Read10X("./data/umi_counts/Pancreas_datasets/Baron_human") Baron_obj <- CreateSeuratObject(Baron) Baron_obj$dataset <- "Baron" Muraro <- Seurat::Read10X("./data/umi_counts/Pancreas_datasets/Muraro/") Muraro_ob...
Dear cellgeni team, I'm trying to convert the pbmc_small Seurat object that is loaded by Seurat by default to anndata with sceasy. I use the following code: library(Seurat) library(reticulate) library(sceasy) use_condaenv("sceasy", requi...
I am working on integrating a labelled single cell RNA seq cell atlas with an unlabelled one. I am wondering how do I determine the value of max.features when integrating two single cell RNA seq datasets? Below is the code I am using: ...
在安装Seurat会出现如下核心报错: configure: error: geos-config not found or not executable. 2.原因 尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像,都不解决问题,因为着根本不是下载的错误。 因为Seurat依赖SeuratObject,SeuratObject又依赖rgeos,集群没有配置没有rgeos的环境,所以报错。