不了解的该数据库的小伙伴们可以查看eQTLGen Consortium数据库简介(1)。 1)官方网址 https://www.eqtlgen.org/ 2)相关基因的cis-eQTLs查找(例如acly): 目前我们只关注cis-eQTL,因为cis-eQTL对相关基因表达更强;而trans-eQTLt由于过于复杂,这里我们不进行讨论。 3)Cis-eQTLs的选择 尽量选择: ·P值较小 · Z...
eQTLGen是一个包含37个数据集,共有31,684个人的联盟。我们可以在这个网站上找到我们需要的cis-eqtl、trans-eqtl、eQTS。 官网地址如下: https://www.eqtlgen.org/phase1.html这里主要介绍cis-eqtl数据的处理。 …
GTEx/eQTLGen数据下载download GTEx files 小知识 一个SNP与一个gene,一般就选TSS上下游的gene,blood是金标准。 因为染色体是线性的,LD的存在让所有的genetic的分析都变复杂了,找到的SNP可能不是causal的,它的邻居才是。这对eQTL来说也是一样的。【如果一个region里LD=1,那它们就可以看做是一个点,即使它们功能...
GTEx/eQTLGen数据下载download GTEx files 小知识 一个SNP与一个gene,一般就选TSS上下游的gene,blood是金标准。 因为染色体是线性的,LD的存在让所有的genetic的分析都变复杂了,找到的SNP可能不是causal的,它的邻居才是。这对eQTL来说也是一样的。【如果一个region里LD=1,那它们就可以看做是一个点,即使它们功能...
03.乳酸化基因获取【乳酸化多组学(eQTL/pQTL/SMR)GEO孟德尔随机化】 2381 0 05:35 App 12.共定位分析(coloc包)【药物靶点孟德尔随机化(共定位/eQTL)】 62 0 02:03 App 13.取eQTL和pQTL阳性结果交集【乳酸化多组学(eQTL/pQTL/SMR)GEO孟德尔随机化】 71 0 03:17 App 11-12.冰岛pQTL孟德尔随机化分析...
【师姐贴心教学】药靶MR——eQTLGen数据库(上), 视频播放量 38、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 2、收藏人数 4、转发人数 0, 视频作者 小碗爱科研, 作者简介 关注我领取代码资料~答疑tt后台,相关视频:【小白必备!!】GWAS数据获取常用数据库介绍,【小白最爱的贴心教
针对eqtlgen数据处理,我们可以按照以下步骤进行: 数据准备: 从eQTLGen官网下载所需的数据集,包括显著的cis-eQTLs、全部的cis-eQTLs、用于SMR分析的besd文件以及插补EAF的文件。 确保下载的数据格式正确,并且包含所有必要的列,如rsid、基因名、EAF、BETA、SE、Freq等。 格式转换与整理: 如果下载的数据格式不符合分析需...
本文聚焦于使用eQTLGen的eQTL数据与FinnGen的GWAS数据进行coloc共定位分析的方法。coloc共定位分析原理相对直截了当，关键在于运用coloc.abf函数，数据整理成该函数所需的格式。整理数据成所需格式是整个流程中的核心步骤，包括整理成list形式，这是至关重要的一步。对于初学者来说，理解数据参数的计算和处理...
GTEx/eQTLGen数据下载download GTEx files 小知识 一个SNP与一个gene,一般就选TSS上下游的gene,blood是金标准。 因为染色体是线性的,LD的存在让所有的genetic的分析都变复杂了,找到的SNP可能不是causal的,它的邻居才是。这对eQTL来说也是一样的。【如果一个region里LD=1,那它们就可以看做是一个点,即使它们功能...
今天我把所有的流程整理好了,eQTL数据使用的是最广泛的eQTLGen的数据,由于官网的数据被切割成了cis和trans,我就使用了IEU数据库的VCF文件,下载方式如图: GWAS数据使用的是芬兰的数据,下载方式可参考:孟德尔随机化必备数据——芬兰数据库FinnGen R9数据下载。 下载的数据均无需解压,放在工作目录即可。代码是傻瓜式的,...