靶点基因甲基化位点数据的过滤 靶点基因甲基化位点批量MR分析 从而得到与结局相关联的靶点基因甲基化位点，这将有助于我们理解靶点基因调控机制及其对于复杂性状的影响。本文只分享eQTL、共定位、pQTL、SMR、mQTL(甲基化)联合分析思路，剩下的细节问题需要自己的探索。
一、数据的下载1、结局数据2、eQTL数据3、pQTL数据4、生信分析数据二、数据的整理1、转换SNP ID2、合并、计算需要的效应量3、筛选强相关的SNP4、剔除连锁不平衡5、探针名转换为基因名6、表达数据的标准化处理三、数据分析1、批量eQTL MR分析2、批量pQTL MR分析3、基因表达差异分析4、上述阳性结果取交集四、结果...
值得注意的是,GPNMB和CD38这两个基因的因果效应在MR分析中得到了重复验证,并显示出与pQTL相同的因果效应方向,且通过了共定位和Steiger检验(图2)。在eQTL水平上,2个基因MAPT和LRRK2先前已被鉴定出会增加PD风险,其他3个基因(ARSA, DGKQ和CTSB)的eQTL仅显示其在PD中的因果作用的支持证据。GPNMB 和CD38也被另一...
3、选择合适的组织样本,提取目标基因的eQTL数据,可以提取单个基因的数据,也可以进行批量提取多个基因的数据 4、目标基因的eQTL数据的过滤、剔除连锁不平衡、孟德尔随机化分析,可以单个基因进行操作,也可以批量多个基因进行分析操作 最后发现目标基因孟德尔随机化分析结果符合预期结果:OR值大于1,对应的P值有统计学意义,不存...
在作用方向上与MR结果完全一致,并通过了HEIDI检验(p> 0.05)和SMR检验(p< 0.05)。SMR基因座和效应的图如图6A、B所示。 GSTM 4蛋白水平与偏头痛的MR及亚组分析为了进一步确定GSTM 4作为偏头痛治疗靶点的可能性,作者使用来自UKB-PPP的GSTM 4的顺式pQTL数据进行MR分析。在主要分析中,它揭示了循环GSTM 4和偏...
eQTL批量MR分析: pQTL批量MR分析: 生信分析: 多角度联合分析取交集: 上述分析工作量是非常大的,特别是下载和整理eQTL、pQTL数据上,需要消耗大量时间的,对电脑和网络要求非常高,普通电脑根本处理不了,不过可以直接使用专业人士处理好的数据,这样就可以大大节省时间和精力,降低分析成本。
5、pqtl数据进行验证创新补充:SMRmQTL分析 什么是mQTL? mQTL:DNA甲基化数量性状位点,也就是理解为调控DNA甲基化水平的SNP。DNA甲基化数据(mQTL)下载 提取靶点基因甲基化位点数据 靶点基因甲基化位点数据的过滤 靶点基因甲基化位点批量MR分析 从而得到与结局相关联的靶点基因甲基化位点,这将有助于我们理解靶点基因调控...
pQTL批量MR分析 上述阳性结果取交集 补充验证：共定位 补充验证：SMR分析 导师或者主任下达的任务完成：候选基因：NT5E、CSTB 上述分析流程工作量是非常大的，特别是在数据整理这块，需要大量的时间和精力，普通电脑基本处理不了这些大数据，如果用别人过滤好的数据就可以直接用普通电脑分析了，这样就非常方便。本文只分...
单细胞联合eQTL-pQTL分析思路和步骤：1、从GEO数据库上下载单细胞数据 2、数据过滤与标准化处理 3、线性降维与细胞聚类PCA 4、细胞非线性降维t-SNE、UMAP 5、寻找marker基因 6、细胞类型注释 7、特定细胞表达的差异分析 8、差异基因的功能分析 9、差异基因批量eQTL MR分析 10、pQTL验证上述eQTL结果 11、可以考虑...
eQTL批量MR分析: pQTL批量MR分析: 生信分析: 多角度联合分析取交集: 上述分析工作量是非常大的,特别是下载和整理eQTL、pQTL数据上,需要消耗大量时间的,对电脑和网络要求非常高,普通电脑根本处理不了,不过可以直接使用专业人士处理好的数据,这样就可以大大节省时间和精力,降低分析成本。