由于MR、共定位和精细映射分析都支持大脑中的CD38、GPNMB和DGKQ可能是PD的致病蛋白,因此本文评估了它们作为可能的治疗靶点的安全性。总的来说,没有发现明显的副作用,通过对782个非PD特征进行更广泛的MR筛选(图7),发现较高的CD38水平可能会导致一些缺血性心脏病和其他疾病。此外,较高的DKGQ水平可能有益于痛经。脑G...
1、可用药基因的搜索 2、可用药基因的eqtl、pqtl数据下载 3、利用MR批量（eqtl）筛选阳性结果的可用药基因 4、利用共定位进一步批量筛选可用药基因 5、pqtl数据进行验证 创新补充：SMR mQTL分析 什么是mQTL？mQTL：DNA甲基化数量性状位点，也就是理解为调控DNA甲基化水平的SNP。DNA甲基化数据（mQTL）下载 提取靶点基...
一、数据的下载1、结局数据2、eQTL数据3、pQTL数据4、生信分析数据二、数据的整理1、转换SNP ID2、合并、计算需要的效应量3、筛选强相关的SNP4、剔除连锁不平衡5、探针名转换为基因名6、表达数据的标准化处理三、数据分析1、批量eQTL MR分析2、批量pQTL MR分析3、基因表达差异分析4、上述阳性结果取交集四、结果...
首先,本研究利用在CD4+ T细胞活化过程的五个关键时间点获取的动态单细胞eQTL数据,采用孟德尔随机化(MR)方法系统性评估了11,021个基因表达谱(覆盖1817个基因,来源于46个表达特征)对T2D和CAD的潜在因果效应。随后,将MR分析中鉴定的基因-疾病关联(基因-疾病对)与现有的临床试验证据(药物-指征对)进行对比,以筛选出可...
在作用方向上与MR结果完全一致,并通过了HEIDI检验(p> 0.05)和SMR检验(p< 0.05)。SMR基因座和效应的图如图6A、B所示。 GSTM 4蛋白水平与偏头痛的MR及亚组分析为了进一步确定GSTM 4作为偏头痛治疗靶点的可能性,作者使用来自UKB-PPP的GSTM 4的顺式pQTL数据进行MR分析。在主要分析中,它揭示了循环GSTM 4和偏...
今天我们给大家带来一篇细胞水平eQTL分析结合GWAS数据揭示精神和神经疾病的新风险基因。那么细胞层面的eQTL数据,是不是可以让我们拿来做孟德尔随机化呢,再来个炫一点的名字,单细胞孟德尔随机化。 全文速览 迄今为止,大多数基因表达数量性状基因座(eQTL)的研究一直都是组织层面,已经探明eQTL不同脑组织中的差异,但是特定类型...
药物靶点基础理论1-药靶的MR逻辑、pQTL eQTL解读梦苒儿编辑于 2024年02月07日 22:29 eqtl影响基因,pqtl影响蛋白 距离近就是顺式,距离远就是反式分享至 投诉或建议评论 赞与转发3 0 2 0 0 回到旧版 顶部登录哔哩哔哩,高清视频免费看! 更多登录后权益等你解锁...
pQTL批量MR分析 上述阳性结果取交集 补充验证：共定位 补充验证：SMR分析 导师或者主任下达的任务完成：候选基因：NT5E、CSTB 上述分析流程工作量是非常大的，特别是在数据整理这块，需要大量的时间和精力，普通电脑基本处理不了这些大数据，如果用别人过滤好的数据就可以直接用普通电脑分析了，这样就非常方便。本文只分享...
5+MR+WGCNA+机器学习,一套MR+转录组组合拳轻松拿下5+! 生信风暴官方频道 30 0 6+单xi胞+NMF分型,这种量大管饱的发文思路一投一个准! 生信风暴官方频道 18 0 网药第五课:PPI网络图绘制,看完就会! 谭谈生信 406 0 DNA的甲基化分析 Eric师兄 372 1 [生信分析精讲系列] 墙裂推荐!!7.5+非肿瘤...
今天分享一篇二区的可用药基因组学数据挖掘SCI,这篇文章发表在Respiratory Research(影响因子:4.7)上,使用的是可用药基因的eqtl和pqtl数据,没有补任何实验。 分析步骤、思路: 1、可用药基因的搜索 2、可用药基因的eqtl、pqtl数据下载 3、利用MR批量(eqtl)筛选阳性结果的可用药基因 ...