利用“MatrixEQTL”包进行eQTL实战分析 在上一期内容中,米老鼠和大家介绍了eQTL的相关概念和分析原理,今天我就带大家用“MatrixEQTL”进行一下实战演练。 这里我们使用的是该包提供的内置数据集,代码如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 install.packages("MatrixEQTL")# 安装R包library("MatrixEQTL")# 加载R...
3、利用MR批量(eqtl)筛选阳性结果的可用药基因 4、利用共定位进一步批量筛选可用药基因 5、pqtl数据进行验证如果研究的方向跟它是一样的,直接用它这个思路就不好了,必须要进行创新,例如我们可以使用最新芬兰pqtl数据进行筛选,然后共定位进一步筛选,最后使用eqtl数据进行验证,这样就可以得到新的结果、结论,有足够的创新...
1、可用药基因的搜索2、可用药基因的eqtl、pqtl数据下载3、利用MR批量(eqtl)筛选阳性结果的可用药基因4、利用共定位进一步批量筛选可用药基因5、pqtl数据进行验证如果研究的方向跟它是一样的,直接用它这个思路就不好了,必须要进行创新,例如我们可以使用最新芬兰pqtl数据进行筛选,然后共定位进一步筛选,最后使用eqtl数据进...
3、利用MR批量(eqtl)筛选阳性结果的可用药基因 4、利用共定位进一步批量筛选可用药基因 5、pqtl数据进行验证 如果研究的方向跟它是一样的,直接用它这个思路就不好了,必须要进行创新,例如我们可以使用最新芬兰pqtl数据进行筛选,然后共定位进一步筛选,最后使用eqtl数据进行验证,这样就可以得到新的结果、结论,有足够的创新...
3.3代码实现 所需包 library("coloc") library(TwoSampleMR) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(locuscomparer) library(ggplot2) 第一步,读取gwas数据并对其进行连锁不平衡检验,阈值为0.2,得到独立的GWAS位点 allgwas = read.table("D:\\AAA\\MR\\Finngen_R9_I9_ABAORTANEUR",sep="...
在GWAS分析结果中,大部分显著的SNP位点都位于非编码区,很难直接挖掘这些位点的调控机制。通常假设与疾病关联的SNP位点通过调控基因表达来发挥作用,而eQTL可以识别SNP与基因间的调控关系,将eQTL和GWAS结果相结合,可以进一步筛选候选基因。 科学家们发明了许多的工具来完成这一任务,根据时间先后顺序,部分软件列表如下 ...
教程复现】一区7.8 分TOP顶刊,非肿瘤纯生信,MR+多GEO数据集+免疫浸润+机器学习+诊断模型+eqtl验证 (私信UP领全部视频+资料包) V: pingke688, 视频播放量 112、弹幕量 0、点赞数 4、投硬币枚数 2、收藏人数 3、转发人数 1, 视频作者 医学临床科研资料, 作者简介 V: ping
35.孟德尔随机化分析,暴露因素GWAS,结局芬兰,方向性检验径向图,曼哈顿图,QQ图,一个代码输出离散点。简介附方法 10:04 58,基因与疾病结局的共定位分析:基于GWAS数据方法,单基因和疾病的共定位分析,简介附方法 06:28 59.在线MR分析,Radial MR分析,批量多暴露对一结局,适用GWAS有数据编号 08:01 65.单基因和...
数据质控要求如下:(i)欧洲人群中(ii)具有≥3独立性[连锁不平衡(LD)r2< 0.01](iii)遗传工具(P值≤5×10-8),我们在这项研究中共纳入了150个特征,涵盖人体测量学、自身免疫/炎症、行为、心血管、ICD10代码、杂项、非癌症疾病和精神/神经学特征等类别(补充表 S1)。 MR分析:使用R包TwoSampleMR在表型-生存关...
#王一博真维斯全球代言人 与@UNIQ-王一博 一起随心而行,在最真实的生活里,找到最本真的自己。在他的全新主场,探索无限可能!#真维斯玩真的 4.5万 音乐奏响,本色释放。 全新舞台,更是Ta的全新主场! 认真、坚韧、热爱,每一面都要全力以赴! 真维斯休闲装品牌全球代言人官宣倒计时1天 4月29日,#真维斯玩真的 ...