plink1.9目前采用的是major与minor allele的概念,软件会自动计算频率,对原始数据进行操作时会自动改变allele的排序,如果你使用plink1.9 的—frq选项计算频率,你会发现输出的文件中是MAF ,minor allele frequency,不会高于0.5。 PLINK1.9中,A1为minor,A2为major allele,所以这里MAF是指A1(minor allele)的频率。 CHR SN...