NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件...
EBI-ENA数据库 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 002、 测试下载 ascp -vQT -l 500m -P33001 -k1-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR122/079/SRR12207279/SRR12207279_1.fastq.gz ./ reference: 01、 SRA数据下载(通过EBI-...
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件...
通过ncbi的run列表编号利用Aspera来下载fastq文件,通过EBI-ENA数据库,在这之前都是用ncbi的官方工具sratoolkit,使用prefetch下载,用着除了慢一点还挺简单方便的,但是在大批的sra文件下的话就显得力不从心了,之后为了快点就了解了Aspera,看着比http快得不是一点两点,简直是一个天上一个地下。后面了解到服务器用Aspera...
ENA数据库:European Nucleotide Archive:隶属EBI (European Bioinformatics Institute),功能等同SRA,并且对保存的数据做了注释,界面相对于SRA更友好,对于有数据需求的研究人员来说,ENA数据库最诱人的点应该是可以直接下载fastq (.gz)文件,由 EBI 负责维护。