EBI-ENA数据库 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 002、 测试下载 ascp -vQT -l 500m -P33001 -k1-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR122/079/SRR12207279/SRR12207279_1.fastq.gz ./ reference: 01、 SRA数据下载(通过EBI-...
不一样。1、ebi是为科学界建立和维护生物学数据库，提供免费的数据和生物信息服务。2、ENA即抗可溶性抗原Extractablenuclerantigen（抗体）的简写
物种:Homo sapiens。 2.2 EBI-ENA数据库——确定需要下载数据集的下载地址 因为EBI-ENA数据库可以直接提供fastq格式测序文件,省去了sra文件转fastq文件的时间 EBI-ENA数据库,检索SRX5327410,点击View 批量下载 先将要下载的文件的路径放入一个文件file.lst中,比如 /vol1/fastq/SRR885/002/SRR8858432/SRR8858432_sub...
通过ncbi的run列表编号利用Aspera来下载fastq文件,通过EBI-ENA数据库,在这之前都是用ncbi的官方工具sratoolkit,使用prefetch下载,用着除了慢一点还挺简单方便的,但是在大批的sra文件下的话就显得力不从心了,之后为了快点就了解了Aspera,看着比http快得不是一点两点,简直是一个天上一个地下。后面了解到服务器用Aspera...
经过超过20年的生物信息学研究和服务经验，EBI已成为全球收集和传播生物数据、提供免费生物信息服务的欧洲节点。该所管理维护着世界最全面的分子生物数据库，其中包括ENA（核酸序列数据库）、Ensembl（基因组）、ArrayExpress（基因表达数据）、UniProtKB蛋白质序列、InterPro（蛋白质家族/域/蛋白指纹等）和PDBe...
EBI的核心数据库包括：ENA（核酸序列数据库），Ensembl（基因组数据库），ArrayExpress（基因表达数据），UniProtKB（蛋白质序列），InterPro（蛋白质家族/域/蛋白指纹），以及PDBe（大分子结构数据库）。ENA起源于EMBL-Bank核酸序列数据库，是欧洲最重要的核酸资源，与美国NCBI的GenBank和日本DDBJ共同构成国际...
Get SRA fastq file information and associated meta data from EBI ENAJack Zhu
ENA: 欧洲核酸数据库(简称ENA,又被称为EMBL-Bank)是欧洲最主要的一级核酸数据资源。它搜集了大量的DNA与RNA顺序以及相关的注释数据。ENA每三个月产生一次新版本。每天的数据更新来源于多途径的数据提交,以及与伙伴数据库Genbank(美国)和DDBJ(日本)的数据交换。EMBL-CDS是通过整理ENA内的编码顺序而建立的一个数据库...
做基因组数据分析,可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据,动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结,这时就要用到神器-Aspera了。 使用Aspera,最简单的方法当然就是使用浏览器插件Aspera Connect了,跟迅雷、Flashget的用法差不多,直接单击As...